一方面，政府应当承担对村民自治的引导、投入以及予以适当监督的义务，但由于法律上没有明确的相关职责规定，政府往往拒绝承担。同时，对于政府的行为应当是“法无明文规定即禁止”，法律上没有政府管理村民自治明确的权力范围，就会使得政府对村民自治的正当干预也面临着缺少法律上的依据而被撤销的危险，这更使乡镇政府对本应由其管理的农村基层社区事务不愿管、不敢管。另一方面，当需要村民及村委会完成本属于政府职责的大量政务的时候，乡镇政府又会以“指导”为名干涉属于村民自治范围内的村内事务，使村委会实际上听命于乡镇，成为其下属机构。而对于这样的情况由于政府行政权与村民自治权的界限不清而难以认定，因而往往无法得到及时而有效的监督和纠正。
因此，为了实现国家行政权在村民自治体制中合理运作，既保证行政权有效管理农村基层社会，又要防止其不当干预属于自治范围内事务而侵害村民自治权利，从法律上明确国家行政权与村民自治权的界限，确立一种合理的结构模式将是首先需要解决的问题。当前有不少学者呼吁在《
村民委员会组织法》之外，尽快制定全面规范我国村民自治制度的《村民自治法》，如果这个愿望能够早日实现，将为我们解决这些问题提供有力的法律上的保障。
行政权与村民自治不能有效协调的另一个重要症结就是当前我国农村基层治理结构中的组织机构问题。上文已经提到，从法律上说乡镇政府直接面对广阔的地域范围和数量庞大的人口，在这种体系下乡镇为完成各种任务不得不对村委会工作进行不当干预，使其偏离村民自治的价值方向。不能有效解决这个问题，任何关于行政权与村民自治权的制度划分都将无法执行。
学者们对这个问题给予了广泛的关注，也提出了不少改革的设想。一种观点是应该将村民自治组织上升为农村基层政权组织，赋予其行政管理权，使之成为村自治。[6]如果真的这样做，确实能使当前村委会承担的大量政务成为名正言顺的行政管理行为，而且能更为有效地将行政权深入到农村社会的最基层。但是，村自治是一种地方自治的形式，在我国当前的社会发展状况以及单一制的政治体制下恐怕难以实现。还有一种观点认为由于农村基层党支部与上级党委有直接的领导与被领导关系，可以由村党支部负责处理和落实上级政府的政务工作，村委会仅负责村民自治范围内的村务。[7]这样村委会可以摆脱烦杂的政务工作，但由党的基层组织执行政务一方面缺乏法律依据，另一方面容易使其陷入这些行政事务中，难以发挥其应有的领导核心作用。
笔者比较赞同的解决方案是乡镇政府在行政村设置派出机构，承担各项政务工作的实施。首先，在村设置派出机构可以有效地实现国家行政权深入农村基层的要求。乡镇在村设置派出机构可以以政府的名义合法地进行行政管理，使上级政府的政令畅通，下情上达，更好地落实国家对农村社会的各项目标和任务，顺利实现国家现代化发展所需要的高度流通的市场环境以及对社会资源的有效调配。其次，可以防止乡镇政府对村民自治的“不得已”的干预。在设置村派出机构之后，乡镇政府的各种政务就可以由其派出机构直接办理，村民自治组织除了法定的协助义务之外无需再处理这类事务，这样乡镇政府也不必再为保证村委会服从乡镇指令而进行的种种不当干预，从而更好地保障村民自治权利不被侵犯。第三，可以更为有效地实现行政权对村民自治的正当干预。村级派出机构与村委会平行设置，可以更好地对村民自治中的民主选举、民主决策以及村财务等方面进行引导和监督，特别是可以在日常工作中帮助村委会办理各项村内自治事务。第四，设置村派出机构不会产生无法接受的高成本。村派出机构面对的地域范围一般较小，其常规性的任务也并不太多，繁忙程度有限，因此，村派出机构的设置可以非常简单，人员配备也不必太多，甚至可以采取专、兼职相结合的方法以减少成本。而我国当前国家基层政府往往机构庞大，人员过剩，即所谓的“吃饭财政”，我们有理由相信，在精简乡镇政府机构及人员的基础上，设置村派出机构不会产生无法接受的高成本，在行政村设置派出机构的改革方案是切实可行的。
