行政权对村民自治的不合理干预一直是学术界批评最多的问题之一。这一问题的出现固然有法律规定、历史影响以及部分乡镇公务人员的个人素质、法治观念低下等方面的原因，但问题的症结还得从整个国家农村治理体制中寻找。
首先，我国将农村的基层政权设置在乡镇一级，乡镇政府直接承担着来自中央到地方各级政府对农村经济、政治、文化等各个方面的目标和任务的落实责任，而且由于我国幅员辽阔、人口众多，作为最低一级的行政区划，乡镇仍然是一个范围巨大的地域概念。据相关统计资料估算，从全国范围来看，一个乡镇所辖的行政村在8到10个左右，多的达十几甚至几十个，而自然村则有30至40个。从人口上看，一个村委会所辖行政村一般在千人左右，有的村人口多达几万人。[4]面对纷繁复杂的任务和如此大的地域和人口，仅凭一个人力、物力都有限的乡镇政府自己去直接管理是完全无法实现的。因此，乡镇政府为完成各种正常的行政任务都不得不将一部分税收、计划生育以及基础设施建设等政务交由村委会办理，更不用说在此之外的集资、摊派等不合理的任务了。同时，由于乡镇与村委会在法律上没有直接的领导与被领导关系，所以乡镇通过干预村委会人事安排、控制财务等方式使村委会按自己意志行事就是很自然的事了。
其次，改革开放以后国家全力进行现代化建设，这需要有充足的资源和广阔的市场，同时国家的现代化离不开农村的现代化，农村需要在稳定的前提下保持高速的发展。这一切都意味着政府在“三农”问题上面临着巨大的压力。正如前面所说，国家对农村的种种目标任务最终往往都是要落到乡镇政府身上，实现农村的经济发展、社会治安良好，推行计划生育等任务都将成为他们的巨大挑战。在自上而下的压力体制下，他们不得不将压力转移到村委会身上，从而产生诸多不当干预村民自治的情况。正如有些乡镇领导所说：“我们不是不支持村民自治，也不是不知道村民自治长远来说所具有的重大意义，但上面交付的硬性任务必须完成，因此不得不干预甚至操纵村委会的工作。”[5]
三、国家行政权在村民自治体制中的合理运作
前文提到，国家行政权在村民自治中的运作分为正当干预和不正当的干预，两者需要区别对待。区别这两种不同性质干预的标准就在于行政权的干预是否侵犯到村民的自治权利，行政权应该积极地对村民自治予以引导和监督，但是一旦超过一定的范围侵害到村民对村内事务进行自我管理和决策的权利时就变成不当干预了，需要加以制止。然而，做出这种判断的前提在于法律对村民自治的权利范围有明确的规定。我国《
村民委员会组织法》对乡镇政府的管理和村民自治的权限作了一般性的规定，即乡镇有权指导村委会工作，村民通过村委会在政府的指导下自主管理本村事务。但由于法律中缺乏明确而具体的规定，实践中乡镇政府管理与村民自治的运行难以协调，造成严重后果。
