改造科学化，首要的问题在于领导尤其是主要领导重视 ；基础的问题在于树立科学的理念；根本的问题在于建立科学的机制；关键的问题在于提高干警素质。
改造科学化面临的问题与挑战有：
一是监狱职能多元化的挑战。从理论意义和法律意义上说，监狱就是监狱，其职能是贯彻党的“惩罚与改造相结合，以改造人为宗旨”的监狱工作方针，将罪犯改造成为“守法公民”。这可以被认为是监狱的“天然属性”。然而，由于长期受传统思想、体制的影响以及人们对监狱工作的不正确认识和定位，监狱的职能至今仍呈现出监狱、企业以及办社会高度合一的格局。客观地说，这种高度合一体制的监狱职能多元化曾经作过历史性的贡献，可谓功不可没。但在社会主义市场经济条件下，在社会分工日益细密，职能分化日益纯化的情况下，很显然，监狱职能多元化已成为制约监狱工作未来发展的最大的体制性障碍。我们必须从改造人的大局出发，从社会主义监狱惩罚与改造人的职能出发，尽快实现监狱职能单一化，为改造科学化创造良好的外部条件。
二是押犯结构恶性化的挑战。罪犯是监狱教育改造的对象，押犯结构变化是探索推进教育改造科学化首先必须面对的问题。随着社会刑事犯罪出现的新情况，特别是大要案居高不下，流窜犯罪、涉恶涉黑涉毒犯罪、经济犯罪等上升的趋势，押犯结构呈现出恶性化的趋势，这给改造工作带来严峻的挑战。
三是教育改造工作自身的挑战。改造科学化的推进受制于监狱工作的刑罚执行、狱政管理以及监狱生产、队伍建设等项工作。近几年来 “妥协执法”现象屡禁不止，不少罪犯对公正执法、文明执法存在疑虑。这给改造科学化的推进带来致命冲击。现实中，各种改造手段的协调与整合常常发生冲撞，致使监狱工作的评价体系不合理、不科学。教育改造本身的形式主义。监狱安全稳定工作的高要求、严考核，常常使得改造科学化相形见绌。
因此，推进改造科学化的选择，在宏观层面： 首要的是，推进监狱职能单一化。“监狱是国家的刑罚执行机关”，其任务是对罪犯实施惩罚和改造。监狱职能单一化，是监狱的属性决定的，古今中外概莫能外。舍此，监狱还有什么存在的理由。监狱工作作为一项重要的社会公共防卫事务，理应由政府办监狱。显然，监狱应当回归到真正的改造罪犯的职能上。
其次，应将改造科学化纳入监狱未来发展战略的重要位置。没有改造科学化，监狱发展战略是不完整的，监狱工作方针就难以贯彻好，现代监狱制度就无从建立，要完善和实现监狱职能也只能是一句空话。
再次，完善相应法律制度。法治带有强制性、稳定性和权威性。在推进
监狱法治化进程中，加强改造的制度化建设，将与改造科学化有关的经费、方法、手段、内容、评价体系、保障、责任等等纳入《
监狱法实施条例》的框架里，推进改造科学化的健康发展。
在微观层面： 要着力形成协调高效运转的良性机制。改造科学化必须有协调、高效运转的良性机制。一是管理体制科学。二是教育制度完善。三是保障措施到位。
大力开发监狱干警人力资源。提高素质。着重提高法律业务、管教业务素质，更新知识、优化结构。搞好分类。对基层监狱干警按生产、管教、后勤、保障进行分类。实行不同的管理、训练、教育，尤为重要的是要逐步培养一支教育改造的专家型干警队伍，推进专家治监。同时，要落实从优待警的各项政策。
推进改造科学化，理论的成熟是不言而喻的。要以监狱工作的发展战略为重点，以改造人为目标，以实现监狱职能单一化、推进改造科学化为两翼，全方位创新与发展，为现代监狱制度的建立与发展提供有力的理论支撑。
此外，改造的价值：改造（西方社会称为矫正）是惩罚的目的。当代监狱贯彻的“以改造人为宗旨”的方针，强调的是将绝大多数罪犯改造成为“守法”的和“有责任”的公民。监狱的全部工作是以改造为载体、统揽的。这在新中国的监狱史上，做了大量的工作，但也经常摇摇摆摆。
自由的价值：现代社会的监狱是以限制、剥夺自由为形式，以教育为目的教育刑。从马克思辩证唯物主义的观点看，监狱对罪犯剥夺自由其目的是为了使他们获得自由。由“必然”走向“自由”正是人类矢志追求的目标。这是哲学上的自由，政治上的自由，社会学的自由，理性状态下的自由，而不是我们曾经批判的那种无政府主义的自由，那种自由主义的自由。因此，刑罚的目的、监狱的目的是止于自由。
文明的价值：在监狱管理教育中，监狱警察的举止言行必须体现较高的文化修养和道德水准。
宽容的价值：怒其不正，哀其不幸，恨其行，爱其人，齐之以礼，导之以规，疏之以心，授之以能。
谦抑的价值：监狱以其有限的资源，改造那些最需要改造的罪犯，抓住“关键的少数”。
以及效率的价值，秩序的价值，民主的价值等都是当代监狱的重要价值，这里限于篇幅，不再赘述。
我们不厌其烦的解析现代监狱价值的价值在于，我们要表明：现代监狱价值是我们推进中国现代监狱制度的核心基石。离开了这一点，监狱就可以灰飞湮灭了，而保留监狱与其说是统治社会的要求，不如说是对现代社会的反对。
