此外，如果采取行政许可模式，有一些问题产生。新出台的
行政许可法有一个强制规定，特许权的出让必须通过招投标和拍卖的方式，除非法律法规另有规定。也就是说，一旦确定了这是一种特许经营权、政府特许，以后再要出让它的话，还是必须通过招标和拍卖的方式出让，以上问题仍然绕不过。
因此，特许经营采用行政许可的方式在实际上，是有困难的。建设部规章和地方法规明显放弃了行政许可的方法，而更倾向于采用合同方式。
（2）行政合同
根据建设部
《办法》，行政机关和私方当事人应就特许经营事宜签订合同，但这种合同究竟是民事合同还是行政合同，该
《办法》并未明确给予定性。一般认为，这是一种行政合同，即以行政机关为当事一方签订的合同，多用于在经营城市过程中，城市公用设施等公共资源的使用权、专营权通过托管经营、授权经营、转让等形式有偿转让的事宜中。对于行政合同制度，我国还很不完善，存在着一些急需解决的问题，比如：（1）理论和立法滞后，在理论上没有一个占主导地位并为大多数人所接受和赞同的对“行政合同”的界定，在立法上我国不仅无统一的行政
合同法，而且在相关的法律法规中并无“行政合同”的表述。（2）没有确立区分行政合同与民事合同、经济合同的标准。（3）在理论上和实践中尚未确定行政合同的基本原则。（4）行政合同纠纷的法律救济不完善等等。
事实上，用行政合同的形式也会产生很多问题，因为行政合同与私人之间签订民事合同，有一个非常重要的区别，即行政合同的缔结必须贯彻公开竞争的原则。一般说来，行政合同的缔结方式须采取两种方式：招标或拍卖。究竟是招标好，还是拍卖好？两种方式都是尽可能地体现公开竞争、市场化的方式，但是两种方式的运作不同，拍卖主要是靠出价，招投标的要求就会更高一些。特许经营权的出让采取哪种方式现在也没有经验，缺乏一个操作性的办法，可参照的法律依据包括《
政府采购法》、《招投标法》、《
拍卖法》、《
行政许可法》。问题在于，中国的招投标法在制订的时候，主要是针对建设工程制定的，
拍卖法主要是针对传统的物品拍卖。如何把这些法律适用于特许权的出让，问题就很大。当时的国土资源部，就为这个问题和国家经贸委商讨，一直到现在都没完全了结。国家经贸委主管拍卖行业，认为土地出让应该由拍卖行来拍，国土资源部则主张土地出让不一样，要单独搞土地出让的拍卖资格。
此外，特许经营合同定性为行政合同，在现行法律制度下，在实际的操作上也有困难。因为，我国《
行政复议法》第
六条规定，行政争议的受理范围中，根据其中第六款，只有认为行政机关，变更或废止农业承包合同，侵犯其合法权益的，才予受理。其他的合同争议不予受理。虽然在《
行政诉讼法》第
十一条第八款规定，可以受理“认为行政机关侵犯其他人身权，财产权的”争议。但是，我国没有制定《行政
合同法》，行政合同尚未作为一种法定的具体行政行为。而且，行政合同作为一种合同，具有双向性和约定性，而不是行政机关的单向性的具体行政行为。因此，所谓“行政合同”的争议，一般还是在民庭审理。
因此，特许经营合同，因其涉及公共利益，而定性为行政合同，在我国现行的法律制度下，也是勉为其难的。
（3）“公务合同”概念的提出
与行政合同概念不同，我们在此提出公务合同的概念。所谓公务合同，是指为了完成公共行政任务，政府及其代理人与企业、社会组织甚至个人达成的发生、变更或消灭行政法律关系的合意。“公务”一词源于法国的“公务说”。在19世纪后半期，在行政法院判例的基础上，波尔多大学教授L·狄骥建立了公务说。王名扬著：《法国行政法》，中国政法大学出版社1997年5月版，第25-26页。他指出，公务主要是从实质意义着眼，是指政府直接以满足公共利益为目的的一切活动。原有的“公共权力说”将政府的活动仅界定为权力行为和管理行为，而公务说在此基础上又加入了政府服务行为，并把公务的类型大致分为行政公务和工商业公务。而相应的公务合同的外延包括两大领域：行政公务和工商业公务（或者说管理和服务），公务合同的两大类型为公务特许合同和公务承包合同，其两大特性是规则性和合同性。
之所以提出公务合同来区别于行政合同主要是由于，行政合同的提法学界已经泛滥，实务界又讳莫如深，避免重提，并不只是特意标新立异。一方面，启用公务合同的叫法是为了给行政主体与相对人间的各种法律行为提供一个自由的空间。目前我国学界承认的行政合同的种类早已被“框死”在以下八类：国有土地使用权出让合同、全民所有制工业企业承包合同、公用征收补偿合同、国家科研合同、农村土地承包合同、国家订购合同、公共工程承包合同、计划生育合同，相比实践中日趋丰富的各种公务，捉襟见肘。另一方面，公务合同的提法还蕴涵了法国公务理论合同规则性与合同性结合的思想，这一点将成为后文论述的重要线索之一，这一历史内涵是行政合同无法比拟的。况且，行政合同的字面颇有限定行政机关为缔约主体之嫌，而公务合同则承认了在特定条件下，行政机关以外的其他组织（形式私法化的组织）与相对人签订的合同，仍是一种公务合同。例如，申通集团作为国有资产（磁浮线）的代表人与相对人签订的合同，仍然是一种公务的完成。
关于公务合同的适用范围，法国公务理论归纳的分类比较精炼，也较适合我国实践，它把公务分为：政府直接管理的公务、特许公务和承包公务。除直接管理的公务外，后两种手段是可谓是达成公务合同的最基本原因行为。
法国行政法上的公务特许是指行政主体和其它法律主体签订合同，由后者以自己的费用和责任管理某种公务，管理活动的费用和报酬来自使用人的收费，盈亏都由受特许人承担。而公务承包，也往往以合同的方式由相对人完成公务，但与前者的区别在于承包人的费用由行政机关支付。
通常在利润较大的领域，相对人看中其巨大盈利空间，争相经营、竞争激烈，政府往往采用公务特许的方式，经过筛选，选择资质优、服务佳、价格低的被特许人进入市场，以降低恶性竞争的几率。20世纪以来法国的公务特许出现了新的发展，比如被特许的主体种类多样化，不限于过去的私人企业，公私合营、公务法人也经常作为被特许人。特许的公务范围也在扩大，已不限于服务领域的工商业公务，行政公务、社会公务（如土地整理开发、社会救助、医疗）也已经出现特许。
应该看到，中国的公用事业企业与政府之间签订的特许经营合同应该属于我们所说的公务合同中的一种，它有自己的特殊的权利义务的规定。根据建设部
《办法》和
《意见》的相关内容，参考2004年9月14日建设部颁布的《关于
印发城市供水、管道燃气、城市生活垃圾处理特许经营协议示范文本的通知》中印发的《城市供水特许经营协议示范文本》、《管道燃气特许经营协议示范文本》和《城市生活垃圾处理特许经营协议示范文本》，我们认为，以下各项在国内的公共资源特许经营合同中不可或缺：
