首先，改革理事会制度。（1）改变理事长和副理事长由证监会提名的作法。交易所的理事长和副理事长直接由政府监管机构提名，并不符合通常的惯例。政府既然已经委派了理事会的部分成员，则理事长和副理事长自然应该由理事会选举，最多只是理事长、副理事长报请政府监管部门同意即可，政府监管机构直接提名理事长和副理事长缺乏充足理由。（2）考虑在交易所中，将理事会改为董事会。理事会改为董事会的优点在于，可以将《
公司法》中关于董事的规定适用于交易所的董事。在采理事会的情形下，交易所理事的义务和责任缺乏明确的法律依据。2006年3月之前，美国的NYSE长期是一家会员制的证券交易所，该交易所的决策机构成员也从最初的理事改称为董事，说明了以董事会作为交易所的决策机构似乎更为合理。我国台湾《证券交易法》（113、118条）在会员制交易所中也规定了董事会，并且将
公司法中董事、监事的规定适用于会员制交易所的董事和监事；值得借鉴。因此，在我国的交易所没有改制为公司制交易所之前，可以先将理事会改为董事会，并适用《
公司法》的相关规定，以明确作为交易所决策者之董事的法律义务和责任。（3）借鉴美国NYSE的作法，在董事会之下设立若干委员会，并且引入独立董事制度，使交易所本身的公司治理成为上市公司治理结构的模范。
其次，完善经理制度，改变经理人由证监会任免的作法。总经理、副总经理由证监会任免违背法理。通常认为经理是公司日常业务的负责人，经理应由理事会或者董事会聘任或者解聘。在交易所面临激烈竞争，且越来越进行市场化经营的背景下，经理人员理应由交易所的理事会从经理市场的合格人选中进行挑选，由政府任命总经理而且强行将总经理作为交易所的法定代表人显然违背一般的法理，不利于交易所进行市场化的经营，而且也难以处理理事会和总经理的关系。既然《
证券交易所管理办法》规定理事会作为决策机构，则理事会有权对总经理、副总经理等执行机构进行监督和考核，但在总经理、副总经理由政府任免的情况下，理事会显然难以对总经理、副总经理进行有效的监督和考核。折衷的作法是由理事会聘任或者解聘总经理、副总经理，报中国证监会同意；这样一方面理顺了理事会和经理的关系，也照顾了证监会的现实态度。
最后，提高交易所运营的透明度。加强交易所运营的透明度也是促进交易所良好运行，强化外部监督，维护证券市场良好运行的重要举措。2004年11月美国证券交易委员会（SEC）公布了一份有关自律组织公司治理的规则提议（proposed rule）。该文件要求证券交易所进一步向SEC提交并公开披露有关交易所治理、监管方案、财务、所有权结构以及其他事项，而且要求交易所更频繁的更新必须披露的信息，并且在互联网上公布。[9]作为证券市场，交易所的运营牵涉上市公司、证券公司以及广大投资者的利益，交易所应当处于外部的监督之下。因此，我国未来也应当要求证券交易所定期向政府监管机构提交并向公众公布交易所公司治理和运行的重要信息，包括交易所的理事会（董事会）成员以及其他高级管理人员，交易所内部的组织结构，交易所的监管政策以及主要的监管措施、惩戒行动，交易所的财务报告尤其是监管的收入和支出，交易所的所有权状况；同时为了防止发生NYSE的薪酬丑闻事件，交易所高级管理人员的薪酬也应当对外披露。如果交易所成为上市公司，交易所负有
证券法和交易所上市规则规定的披露义务；而且交易所履行信息披露义务的情况应当由政府监管机构负责监管。交易所不仅应向社会公开交易所的公司治理和运营的主要事项，由于交易所负有制定包括上市规则、证券交易规则以及会员（交易参与者）监管规则的义务，交易所应当增强规则的透明度。在此方面，我国可以借鉴美国SEC的作法，要求交易所在向政府监管机构提交规则草案时必须同时公布规则草案的内容，供社会各界发表意见并使相关主体熟悉交易所的规则，当交易所的规则获得政府监管部门批准时，交易所必须及时更新和公布自己的规则。
