从专利权扩张的角度看，由应用科学研究成果向基础科学研究成果方面扩张，是当代专利权扩张的一个重要且值得警惕的现象。这一扩张的后果是明显的，它会减少科学领域中公共部分的存量，并有可能减少信息的公开交流与传播，会使科研人员及其工作单位忽视信息自由、信息正义和信息平等主义的考虑，而强调对专利权的获得。应当说，近些年来美国对在包括基因在内的生物技术领域实行比较宽松的专利政策，与基础科学研究成果的财产化观念具有很大关系。
2．方法专利向商业方法领域延伸
商业方法专利是近年来在我国专利法研究领域新出现的概念，但在美国等发达国家却并非如此。美国专利商标局在美国专利分类码第705号中对商业方法专利所作的定义是，“装置和对应的方法，用于商业运作、政府管理、企业管理或财务资料报表的生成，它使资料在经过处理后，有显著的改变或者完成运算操作；装置及对应的方法，用于改变货物或服务提供时的资料处理或运算操作”。[⑧] 不过，美国对待商业方法专利性的态度也经历了一个由否定到肯定的过程。
在上个世纪初，美国对反垄断和保护公众利益的强调使得对商业方法纳入专利权领域持否定态度。如在1908年的Hotel Security Checking Co. v. Lorraine Co.案[⑨] 中，法院认为商业方法属于抽象的概念，因而应属于专利权例外的情形。在该案中，专利的权利要求涉及到一个系统的可专利性问题，该系统用来监视和协调饭店的食物定单与配送和顾客付帐的关系以阻止服务员和出纳员的贪污行为。它要求服务员领班把显示有服务员的食物定单并编了号的纸条与从厨房运走的食物和顾客实际的付费进行比较。这些权利要求不属于有关机器、制成品或物质合成的传统种类。尽管在那时，方法正日益成为另一分类“新的和实用的技艺”中的可专利主题，Hotel Security案仍然通过排除没有物质或有形机制的方法，限制了商业方法的大幅增长。法院指出，该系统的基本原则和记帐法（即把雇主的商品记在取走该商品的代理商的名下）一样陈旧。[⑩] 法院基于专利性标准的判断而否认了该商业方法的可专利性。
从过去发生的一些否认商业方法专利性的判例来看，商业方法的权利要求具有普遍性而广为人知，达不到专利权的新颖性和创造性（非显而易见性）要求是不能获得专利的重要理由。
尽管在美国商业方法已被不折不扣地纳入了专利权的保护领域，商业方法的专利性问题仍然存在争议。如美国律师界很多人认为描述从事商业活动的专利申请权利要求不是“直接地倾向于（法定的可被允许的）标的”。[11] 很多商事主体担心商业方法专利的授予会制约其利用既有的商业模式和技巧从事经营，担心受专利权束缚而不敢自由利用商业方法。一些学者则从专利性的要求考察否认商业方法的专利性，原因是商业方法专利所描述的商业技艺已经被他人使用或所知道。[12] 有些学者则从知识产权的制度价值和与公共政策平衡的角度考察，提出商业方法专利保护方面的争议。如有的学者强调知识产权保护中更大的社会利益，而该社会利益是以更严格限制政府授予专利垄断权为前提的；认为通过对政府授予专利垄断权的限制使创造更便利而促进社会进步，而这些创造如果以在先技艺为基础则容易进行。财产权利的倡导者则表示，界定明确的和可强制执行的知识产权体系是对创造的基本鼓励。在公共政策下平衡这两种观点的方法对改变知识产权的范围也引发了争议，这和有关商业方法的争论相似。还有一种批评认为，商业界几乎每一个人都使用商业方法。因此，具有较广范围的强势商业方法专利过多地起阻碍作用，它们侵占所有商业有效运作所必须的商业基本结构。[13]
为避免授予商业方法专利存在的一些问题，美国专利商标局提出了《商业方法专利的起源：一个行动计划》（《行动计划》），其基本内容是：1）加强对审查员的有关商务实践中的技术训练；2）修订专利商标局的审查指南，包括由主审查员（审查学习和训练过程中的优秀者）对在美国专利分类指南第705类中所有申请进行强制性的第二次审查；3）扩大专利商标局的质量审查办公室对在美国专利分类指南第 705类中专利的抽样范围；4）对在美国专利分类指南第705类中的申请，对与商业有关的非专利文献进行强制性检索。[14]
商业方法专利的出现无疑是专利权扩张的一个重要现象。它在本质上是调和商业方法拥有者和商业竞争者、社会公众之间关系而在
专利法上出现的新的制度安排。商业方法专利的确立对于激励商事主体改进商业模式和激发技术资源创造具有重要作用，因而是具有社会利益的。它同时通过授予商业方法拥有者以专有权利，能够有效地制止相关商业方法经营者的竞争，提高其自身的竞争能力。相应地，它也会对相关商业方法经营者的利益产生重大影响，并对市场相关行业的利益变动产生影响，从而也涉及到公共利益。当然，“由于不同国家在商业方法专利保护方面存在差别，比较商业方法专利的经济效果存在一定困难”。[15]
