上述计算机程序和生物技术中的基因技术与基因信息纳入专利保护客体，只是两个比较有代表性的例子。总的来说，专利保护主题有不断扩张的趋势。
（二）专利权领域的扩张
随着科学技术的迅猛发展，专利权扩张在保护的领域方面也呈现出新的特点。以下将着重探讨应用科学研究向基础科学研究延伸、方法专利渗透到商业方法领域和专利由非标准领域向标准领域拓展等问题。
1．应用科学研究向基础科学研究延伸
专利权的扩张在一定程度上体现为淡化基础科学研究和应用科学研究的界限，淡化发明和发现界限，使专利权的保护范围从应用科学研究领域转化到基础研究领域。上面讨论的基因领域专利权的扩张从一定意义上说也是如此。这使得有将基础科学研究成果变成知识产权的私人产品的危险。
传统上，科学研究可以分为基础科学研究和应用科学研究等类型，其中很普遍的情形是：前者由科研人员在非营利性质的机构进行，后者由科研人员在具有营利性质的研究开发部门进行。这两种不同的科学研究模式遵循了不同的激励模式：在基础科学研究领域，一般的观念是鼓励科学家尽快地将自己的科学发现成果公开，科学家则通过获得发现权的形式使其成果得到社会承认。这种公开发现被认为是贡献人类知识共有物、丰富公共领域的重要形式。在应用科学研究领域，科研人员的一般观念则是在成果获得可靠法律保护之前，例如申请专利之前，应将该科研成果充分保密。在以公开为代价申请并获得专利后，可以在法律保护之下防止他人擅自使用；或者，使自己的科研成果处于保密状态，将其作为商业秘密性质的财产来使用。从这里可以看出，一般而言，基础科学研究成果比应用科学成果公开的时间要早，而这与
专利法的作用有关。
就科学研究与
专利法的关系而言，
专利法更偏向于应用研究。正如艾森伯格所指出的一样：
专利法有将专利发明限制为应用研究领域的传统趋向，这与源于基础科学研究的发明是很不同的，主要是因为
专利法保护的发明除了要求具有新颖性与创造性外，还要求具有实用性，而基础科学研究成果本身并不完全符合这些条件。尽管如此，
专利法保护的应用科学研究成果和基础科学研究成果仍然存在着千丝万缕的联系，这在很大程度上体现为：一方面，应用科学研究成果的取得需要基础科学研究成果为指导，即所谓“发现是发明之母”；另一方面，很多基础科学研究成果可以找到特定的应用领域。从丰富知识共有物的观念出发，无疑需要更多的基础科学研究成果（发现）保留在公共领域，但在市场机制驱动下，基础科学研究成果最终可能会通过研究开发形式转化为应用科学研究成果（发明）。或者说，市场关系和有价值的稀缺信息使科学研究人员和企业成为了专利法的主体。
从信息自由与赋予信息产权角度而言，基础科学研究与应用科学研究似乎也存在矛盾，这种矛盾在一定程度上源于基础科学研究和应用科学研究之间的紧密联系。以基因专利问题为例，基础研究与纯粹的应用研究的区分在该领域被排除。基因信息本身可以作为基础科学研究的重要课题，但在生物技术产业化领域，基因信息具有十分广阔的应用前景，这使得基因信息具有潜在的专利性。对基因信息采取传统基础科学研究中的观念，也就是将其视为可以自由地、广泛地接近的公共领域信息还是采取私有的财产化的观点如专利化观点，将在很大程度上影响到基因研究的发展。
在基础研究与应用研究和
专利法的关系方面，
专利法更关注应用研究。在
专利法实践中，我们通常忽视了基础科学的信息平等和信息正义问题。因为
专利法一方面强调在发明者以公开发明为代价的前提下，为发明者从事发明提供激励和报酬；另一方面却对作为公共领域的科学发现没有在信息平等主义方面给予应有的关注。
专利法一直无法解决的一个两难困惑是，它一方面应保障基本科学信息的自由流通和利用；另一方面又应将专利保护作为为促进技术公开而提供报偿的手段。信息的非财产化和自由扩散是基础科学研究领域的传统观点，在基础科学研究成果渗透到专利保护范围时，基于信息平等主义的考虑，也应当鼓励科学家获得对探询的新知识和信息的权利与潜在利润。但是，由
专利法引导的商业研究和开发模式，就如同杰克 • 海斯奇内夫所指出的一样，“相对于可自由交换的科学信息和研究制度，由
专利法引导的商业研发模式对新思想的价值并没达到实际增长的比率。”[⑦] 这可能会减损公众可以获得的新科学信息量，使得更多的研究数据趋向于私有化。进而他提出了这样一个问题：我们是否有理由相信，特定信息减少对发明者潜在利润的影响将是很大的，以致社会不用考虑留存信息利益的任何一部分。
