作为一个一般原理，对抽象的思想不能享有知识产权。在抽象的思想不能享有知识产权方面，就专利领域来说，除了纯粹的抽象的思想外，自然规律、自然现象、科学原理本身都不能获得专利权，这是已达成共识的观点。不同意授予软件专利权的人即是根据这一原理提出自己的主张的：不得为“抽象思维”申请专利。这一规则似乎来源于
专利法立法目的的传统观念，即
专利法只涵盖“器具”或者说是实在的东西，而不涉及神秘的东西。[②] 但在实践中，要具体区分某一特定的主题是否构成专利保护的对象却并非易事。如对与计算机软件专利保护有关的“算法”就有不同的认识。
从理论上说，一个发明如果其创造性的部分只是算法本身的话，它是不可专利的。如果不具有实用性，那么也将不能获得专利。有学者指出：程序代码被视为抽象的文字作品，程序背后的算法被视为抽象思想，二者皆不能成为
专利法意义上的客体。程序算法与数学有着天然的联系。很多算法都是在特定的数学模型下设计出来的，通过数学语言得以描述。因此算法很容易被视为数学规则的一部分，被视为
专利法意义上的抽象思想。但是，算法又有与数学规则迥然不同的一面：程序算法对应着计算机的执行步骤。任何一个有效程序的实际运行过程都是按照特定的程序算法一步一步操纵计算机进行连贯的运算，直至目标得以实现。不论目标为何，程序算法终究可以视为人直接或者间接操作计算机获得某种结果的方法步骤，是人操作客观的物质机器的一种方法。一面是抽象思想，一面是具体的操作步骤，程序算法对
专利法区分抽象思想和具体技术方案的能力提出了空前挑战。[③]
近些年来有关计算机程序的设计技术或算法的专利申请和授权数量都在急剧增加。如程序控制机器或者用程序控制制造工艺或者监测方法，通常是可以获得专利保护的。事实上，计算机程序是否应纳入专利保护范围的问题，在本质上反映了程序开发者、其他所有者的利益与用户及其他相关主体利益的冲突与协调。例如，欧洲议会2005 年7月6日以648票对14票的优势否决了名为《计算机实施发明的专利性指令》的软件
专利法案。这个草案引起很大关注的一个重要原因是，信息产业中两个群体对于软件专利的保护条文的看法分歧巨大，以致于引发了以开源社区和广大中小软件企业为代表的“自由派”和以诺基亚、西门子等公司为代表的“保护派”的针锋相对的论战，甚至于涉及到重新修改与知识产权相关的系列法律。[④] 从近些年来对软件专利保护的讨论看，主要集中在两个方面：一是软件可专利性的讨论，亦即软件是否属于应当授予专利权的发明创造；二是软件专利权保护与软件自由开发创新之间平衡。
就我国来说，虽然计算机程序（软件）被明确地纳入《
著作权法》的保护范围，《
专利法》却没有明确否认对计算机程序的专利保护。在实践中，我国采用国际上通用的标准审查含有计算机程序的专利申请。这种发明专利申请如果具有技术效果，无论是涉及到自动化处理工艺过程的计算机程序还是涉及计算机系统新运行方法的计算机程序，均可授予专利权。就现有的软件专利保护状况看，对软件可专利性讨论更多的是与软件专利保护和软件自由创新相关性问题：软件专利权保护与软件自由开发创新之间平衡常常成为软件可专利性讨论的出发点与归宿。软件纳入专利保护需要从几方面加以综合权衡：其一，基于鼓励知识创新政策选择。在软件专利保护的讨论中，是否能够刺激软件乃至于相关产业的科技发展是其保护的正当性的基石，也是当前关于软件专利保护争议最多的焦点。在软件是否应受专利保护的问题上，我们更应该探讨的是软件的专利保护对于中国的软件及相关科学技术的发展是利大于弊还是弊大于利。其二，基于社会发展政策选择考虑。专利其实质就是一种财富私有化的方式，软件的专利就是授予一定期限内的专利权人的私有权，以鼓励其创新。但是这种鼓励应该只是一种政策考虑，因为，软件程序的知识创新如同其他受知识产权保护的创新一样，是站在人类文明成果之上的发展，不能不考虑对人类的反哺。因此，软件程序的专利保护必须考虑我国公共事业的承受度。其三，基于市场竞争政策选择。专利制度是维护市场竞争中的某种垄断的合法性。软件的专利保护就是通过授予软件程序的市场垄断权以刺激投资者和研发者的积极性，但是我们也需要考虑市场的需求和消费能力对软件业发展的作用。[⑤]
