那么，现代的知识产权制度是否能与传统知识的保护机制相容呢？
(一) 知识产权制度与传统知识的权利主体
在前引加拿大产业部下属的知识产权政策局版权改革框架的文件中，其认为难以对民间文学提供版权保护"的理由就是“版权保护系针对作者而言，就民间文学的保护来说,例如传统歌曲和舞蹈,通常难以确定谁是具体的作者”。但是，我们看到现有的知识产权保护制度并不是在结构上与传统知识的保护不相兼容。在商标领域，集体商标是被普遍认可的。在专利领域，承认某个集体拥有一个专利也并不是不可接受的。承认社区集体拥有专利与著作权并不会对现存的知识产权体系造成威胁，但是可能需要对其转让规则以及形式等方面做一些改变。TRIPS协议对于知识产权的归属问题并没有作出统一的规定，这意味可以由各国法律作出任意的规定。同时，集体所有或社区所有权在一些国家的法律中得到了认可。秘鲁的27811号法律是世界上第一步保护传统知识的法律。该法律第一条承认土著社区以其适当的方式处置其集体知识的权利与权力。巴拿马也建立了与土著居民的集体知识相关的知识产权的保护以及保护与捍卫文化认同以及传统知识的特殊法律机制。该法律框架保护土著人的文化遗产，特别是文化的表达；如果对集体权利进行注册，那么土著人就享有独占的生产权，阻止第三人的商业使用权以及许可他人使用的权利。著作权的集体以及社区所有不应该是多大的问题。许多国家法律中都明确规定了集体作品的概念。
（二）知识产权与传统知识的权利客体
传统知识的客体如何与知识产权制度相容是一个非常复杂的问题。由于各国知识产权制度的广泛差异性，为分析的方便，我们以TRIPS协议作为知识产权客体分析的依据。就版权而言，TRIPS协议第9条之二明确规定，“版权保护应延及表达，而不延及思想、工艺、操作方法或数学概念本身。”这一条似乎并没有阻止对民间文学以及其它形式的原创性的文学以及艺术表达的保护。但是，这里潜在的限制就是对于“观点”的不予保护，而现实生活中很多的传统知识就是一些观点。虽然TRIPS协议规定著作权的保护不应延及“观点”，但是如果一个国家对思想观点提供保护显然也不违反TRIPS协议的规定，该协议第一条允许成员国提供更宽泛的保护。
在专利方面，TRIPS协议并没有给专利下任何定义。它只是在第27条指出：“一切技术领域的任何发明，无论产品或是方法，只要其新颖、含有创造性并可付诸工业适用，就有可能获得专利。”传统的
专利法不能很好的适应对传统知识权利人保护的需要。就新颖性问题，对于传统知识的专利保护而言，如果我们坚持只有经过当地人同意的、世界范围内的公开才丧失新颖性，那么，大多数传统的知识就不会丧失新颖性。但是我们必须考虑由于较低的新颖性缩小了公有领域的范围，可能对发展中国家是不利的。因此，这其实是一个两难的选择。如果我们坚持较低的新颖性标准，我们可以对传统知识提供较好的保护，但是，在其它领域，由于发展中国家技术发展水平总体较低，较低的新颖性意味着公有领域的减少从而限制发展中国家寻求技术进步的努力。实用性与产品或方法的商业或工业利用相关。有人认为传统知识通常以一种专利不予保护的形式出现，因为它缺乏潜在的工业应用性 。实用性的概念在新的领域，如基因，也受到了挑战。传统意见认为，直到一项发明被证实具有实用性，发明人对专利的“交换物”才得到充分的权利。美国通过法院的一系列判例逐渐放松了对于实用性标准的要求。欧盟生物技术指令也指出，来源于人类的基因以及生物产品只要其能被分离且这一专利有某种工业实用就可以被授予专利。因而，为了满足实用性的要求，传统知识的权利人可能需寻求外部的帮助，通过科学证据来证明传统知识存在的实用性。 在目前的专利制度下，科学方法本身似乎从文化上对传统知识的一些权利人有一些歧视，因而我们不可能期望避免使用认可的科学标准来衡量专利的实际用途。各种形式的传统知识客体与专利的客体方面肯定会存在某种潜在的冲突。
