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日本诉讼法的最基本原则之一就是实行法官的“自由心证主义”。按照这种原则，允许法官在基于证据进行事实认定时，在证据方法的选择和证明能力的评价问题上，进行自由判断，法律对此不做任何限制。从这种意义上讲，对于司法鉴定的结论，法官完全可以按照“自由心证”进行独立判断，完全有权决定是否采用鉴定结论，是否把它作为审判材料，如何对待鉴定结论属于法官的裁量范围。不能进行 “鉴定裁判”。但是，“自由心证主义”绝非意味着法官可以不受任何限制进行肆意判断，按照日本诉讼法的规定，法官不得进行违反“经验性规律”和违反“逻辑性规律”的事实认定。这就意味着法官在对待鉴定结论时也并非“完全任意”，必须遵守一定的客观规律。并且，鉴定和证言不同，鉴定人是为了补足法官所不具备的专门知识作为“法官的辅助人员”而进行鉴定，因此，应对法官具有超过证言以上的意义。据此，一些学者主张，鉴定结论应对法官的“自由心证”发挥一定程度的“合理控制作用”。具体地讲，法官应以鉴定结论为基础进行事实认定、做出判断，当否定鉴定结果时应明确表明其理由；当对鉴定结论表示怀疑时应重新命令进行新的鉴定；当出现两个结论完全不同的鉴定结果时应命令进行第三个鉴定；当同时出现了数个结论不一的鉴定结果而法官本身无法形成“心证”时，如系刑事案件，应按照无罪推定原则做出有利于被告人的判断。
然而，理论上虽可进行上述划分或论述，但这仍不能完全解决鉴定结论与法官判断的实际关系问题。为此，日本的一些判例或学说曾试图对鉴定对象或作为“心证”的对象的种类予以细分，因问题不同设立不同的标准。这种方法虽有益但却解决不了所有的问题。在现今的日本司法实务中，具体做法如下：法官必须从程序和实体两个方面入手对鉴定结论予以审查并保证按照法定程序在法庭上对鉴定结论进行质证和询问；尽量形成“心证”；如数个鉴定结论不一时，审查比较各个鉴定的过程、鉴定人素质等要素，尽量从中获得“心证”；无论如何也难于获得“心证”时，做出对刑事被告人有利的判断；否定某一鉴定结论时，在判决书中明确表明其理由。
二、日本司法鉴定的问题点
第二次世界大战之后日本进行了大规模的司法改革，现行司法鉴定制度就是作为这种改革的一环而创建的。诉讼的科学化和民主化是当时的司法改革的重要内容之一。为了追求诉讼的科学化，日本开始从“以人找物(即，从口供或证言寻找物证) ”的诉讼转向“以物找人(即，从物证寻找口供或证言) ”的诉讼。[5]( P4) 为了追求诉讼的民主化，日本在其诉讼中导入了当事者主义制度。无论是诉讼的科学化还是民主化都加大了对司法鉴定的需求，提高了司法鉴定在诉讼中的作用。
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