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日本司法鉴定的程序如下：
1．鉴定人的传唤与报到
有关鉴定人的传唤与鉴定人的报到，原则上援用诉讼法中有关证人的规定。但由于鉴定人与证人不同，具有“可代替性”，因此，对证人虽可以拘传，强行其到法院报到作证，但对于鉴定人则不使用拘传，不直接进行强制。根据判例解释，具有专业知识的人员虽负有鉴定的义务，但即使接到法院传唤后，只要向法院表明拒否意思即可，没有义务到法院报到说明拒否理由。但是，如已经接受了法院的传唤并答应进行鉴定后，就会负有报到义务，在这种情况下，如不按期到法院报到，就会受到以科处罚金、拘役或赔偿费用的处罚，法院还可以再次进行传唤。
2．鉴定命令
法院应对于接收了法院传唤并到法院报到了的鉴定人发出鉴定命令(书) ，具体程序由案件的受命法官(审判长指定的法官) 或受托法官(接受了其他法院委托的法官) 进行。鉴定命令(书) 应包括命令鉴定的事项、完成鉴定的期间、鉴定人的主要义务与权利、鉴定过程中的注意事项等等。
3．宣誓
根据法律规定，法院必须使鉴定人宣誓，宣誓必须通过以法定的宣誓文为内容的宣誓书事先进行。判例认为，没有事先进行宣誓的鉴定无效，宣誓前进行的鉴定也无效。凡故意进行了违反宣誓内容的鉴定时，构成“虚伪鉴定罪”，必须承担刑事责任。
4．鉴定活动
签定人在进行了鉴定宣誓后便可开始实施鉴定活动。根据需要可以向法院申请决定实施“鉴定拘留”处分，也可以向法院请求发布“鉴定许可证”，如鉴定命令中没有对鉴定使用资料作出限制，鉴定人可以使用对鉴定必要的其他资料。
鉴定人不仅应注意记录鉴定结果，也应注意记录鉴定过程和方法，应努力保证鉴定活动的合法性和正当性，尽力避免侵害第三者的人权。
5．鉴定结论的报告
鉴定人在完成鉴定后应将鉴定过程和鉴定结果以鉴定书或口头形式予以报告，如以鉴定书形式报告时，应写明“在法庭公判时可以接受询问”的内容。日本诉讼法实行的是“直接主义”和“口头主义”，因此，一些学者认为鉴定报告应以口头为主，鉴定书只是补充，但在司法实务中并不要求鉴定报告必须通过口头进行，即使只有鉴定书本身，如鉴定人在法庭中只口头表明该鉴定书是认真做成的，即可赋予证据能力。
(五) 司法鉴定结论的法律性格
鉴定人一方面被定性为“法官的辅助人员”，另一方面又援用一些与证人或证言有关的规定，可以说，鉴定人在形式上属于法官的辅助人员，但实质上又是证人的一种。这种状况使得鉴定结论的法律性格变得极为复杂。这种复杂性集中体现在鉴定结论与法官判断的关系上。具体地讲，体现在鉴定结论与法官的“自由心证”的关系上。
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