在微观管理方面，前已述及，国外的自由贸易区有三种管理模式，即组织管理模式、行政管理模式和混合管理模式。我国现有的保税区微观管理模式有其自身的特点。一般设立管委会或管理局对保税区实行综合管理，管委会或管理局是所在地方政府的派出机构，对于工商、环保、劳动、财政、规划、投资等事宜授权管委会或管理局执行，同时在区内设立海关、商检、动植物检疫、税务等机构，从事其相关业务。此外，一般设立开发公司，负责保税区的土地开发及其它公共事业。这种管理模式存在的问题是，保税区往往受到地方政府及相关职能部门的掣肘，地方政府往往把保税区当作一般的行政区域看待，没有认识到保税区的特殊性。
我们认为，基于我国的实际国情和已有保税区微观管理模式存在的问题，将来自由贸易区的微观管理模式还是应该采取行政（政府）管理模式。具体而言，自由贸易区作为一个不同于普通行政区域的特殊经济区域，其管理体制必须实行一元化管理，力避多头管理，确立自由贸易区管理机构的权威性，这样才能对国际市场的变化作出灵敏、准确的反应。因此，在《条例》中应该充分授权于自由贸易区的管理机构，确保管理机构的权威性，减少其他部门对自由贸易区的不当干预。对于政府各职能部门，除海关、税务、商检、动植物检疫和卫生检疫等机构外，原则上在区内不设立机构；相关业务授权自由贸易区管理机构执行。以保证自由贸易区管理机构的权威性。另外，对于管理机构与开发公司实施合二为一的开发建设体制。开发公司主要从事基础设施的建设与维护，提供公共服务。实践证明，采用政企彻底分开的开发模式，无法保证招商引资和整体开发工作的正常开展。[79]
总之，应在《条例》中对自由贸易区的宏观和微观管理体制作出明确地规定，对相关主体的权力、义务、职权、职责都要有合理地配置。
此外，可以借鉴美国对外贸易区协会（NAFTZ）[80]的做法，规定自由贸易区协会，该协会可以就自由贸易区发展的相关问题进行研讨，向相关部门提供咨询建议。
（2）设立和撤销制度
设立和撤销制度是和管理体制密切相关的。随着全国经济的发展和区域经济发展的需要，还需要设立新的自由贸易区。比如在西部地区，可以根据经济发展和国家实行西部大开发战略的需要，在特定地区设立新的自由贸易区，以促进区域经济的发展。同时，对已有的自由贸易区由于其本身的运行状况以及周边经济的发展变化，也有必要作出调整。因此，《条例》应该对自由贸易区的申请者、设立和撤销的条件、审批程序等作出详细地规定。为了避免私人企业给审批机构造成压力，使自由贸易区的设立偏离法定的目的，[81]应该规定只有相关的地方政府才能作为自由贸易区的申请者。自由贸易区设立和撤销的主要目的应该是为了公共利益，为了更好的体现公共利益，对于设立和撤销自由贸易区，可以借鉴美国的相关做法，[82]都应该举行听证会。在一般的自由贸易区建设及其监管制度比较成熟的前提下，也可以借鉴美国的做法，规定自由贸易分区，对其设立条件、审批程序作出规定。使得不能在一般的自由贸易区从事经营的企业也能够利用自由贸易区的优越条件。
（3）投资和企业法律制度
对于自由贸易区的投资自由需要相应的企业制度予以保障。处在自由贸易区的企业总体上应该适用我国已有的《
合伙企业法》、《独资企业法》、《
公司法》、《三资企业法》等企业法律，但在《条例》中可以规定一些和区外不同的企业法律制度。可以对我国严格的企业登记制度予以改革，实行核准登记制；放宽关于企业经营范围的规定，可规定：除法律、法规限制经营的项目以外，工商行政管理机关对经营范围不作具体规定；对企业资本制度也应该进行改革，将法定资本制改为授权资本制或折衷的授权资本制，使得企业设立相对便利，不致造成资本的闲置。为了在自由贸易区促进高新技术产业的发展，应该完善企业激励机制，制定股份期权利润分享、年薪制和技术、管理以及其他智力要素参与分配的制度；此外，还可以尝试风险投资的方式，可以在《条例》中规定有限合伙的企业形式。在投资安全保障面，应该规定在自由贸易区不实行国有化和征收政策，这对增强外商在自由贸易区的投资信心具有重要意义。
（4）贸易法律制度
自由贸易区的最大特点之一就是实行贸易自由化，《条例》的相关规定应该体现这一点。应赋予区内贸易公司拥有进出口经营权，可以无条件限制地从事自由贸易区与非自由贸易区、自由贸易区与其他自由贸易区之间的贸易，并可以代理非自由贸易区企业的进出口贸易。可允许区内企业在区外设立非经营性的分支机构。此外，从境外进入自由贸易区，或从自由贸易区出口，应该免除在配额、许可证方面的限制。
（5）金融法律制度
金融自由也是自由贸易区的特点之一。金融是市场经济体系中最活跃的因素之一，作为市场化程度相当高的自由贸易区，金融法律制度也是相当重要的。这主要表现在外汇使用、金融机构准入和企业融资等方面。在外汇使用方面，发达国家由于实现了货币的自由兑换，在这方面就不需要特别地规定。发展中国家为了促进自由贸易区的发展，通常对外汇使用作比较宽松地规定。我国和大多数发展中国家面临类似的问题，由于我国虽在经常项目下实现了人民币自由兑换，但在资本项目下并没有实现人民币的完全兑换，因此，对外汇实行管制仍是我国的一项重要的金融法律制度。2002年7月
国家外汇管理局对原《保税区外汇管理办法》作了修订，《条例》应该在此基础上，对自由贸易区相关的经常项目与资本项目的外汇管理作出规定。
