之所以出现上述这些问题，在我们看来，归根结底还是在于乡镇和村的关系没有解决好。这里面既有乡村权力结构中权力意识的觉醒和扩张，也有乡镇权力体系肆意扩张而缺乏对其约束制衡的体制原因。比如说，按“村组法”规定，实行村民自治以后，乡镇和村要由领导与被领导的关系变为指导与被指导关系，但具体什么是指导与被指导？没有明文规定，领导和指导在法律上的区别表现为什么？十分模糊或者说完全不清楚。而除了“村组法”之外，我国又没有相关处理“乡村关系”的法律文件。因此如何处理乡村关系，各个地区的乡镇干部由于素质有别，认识水平不同，出现了各式各样的甚至于千奇百怪、匪夷所思的理解。但总归一点，对于许多乡镇干部来说，传统的指挥命令的办法最简单易行，这就形成了传统政府管理模式与村民自治迥异的局面。转型时期，我国村民自治的法治保障还有所欠缺。就立法而言，适应村民民主自治的制度建设远远不够。
第一，应该尽快通过法律具体规范乡--村之间(乡镇政府和村委会)的关系，从法律上保证实现实实在在的村民自治。这是因为，在目前中国农村处于急剧社会变迁且经济社会发展地区不平衡与区域特殊性的背景下，乡镇与村之间的利益边界与权限范围模糊，且往往是变动着的，要通过“村组法”这样较为原则的法律是无法清晰界定的，而且也不可能负载过多的具文。那么，只有通过另行立法(不得与
宪法和“村组法”精神相悖)来对相关的实体性特别是程序性问题进行补充规定。对于乡--村关系的规范主要应注意：其一，应具体划分乡镇政府与村委会之间在财务和事务上的权责关系；其二，属于村民自治范围的村级财务和村级人事，乡镇不得干涉，并且乡镇不得向农民进行任何超出国家法律之外的摊派，切实减轻农民负担。以上这两点应该用具体的法律法规逐条进行固定，任何人不得违反。
第二，应针对违反上述法律法规的情况，建立一套行之有效的纠错机制。目前，在中国广大农村基层民主中出现的违法违纪事件没有一个确定的部门来进行处理，有时是民政局，有时有法院的介入，给人的感觉是似乎各个机关都管，却都未管好。因此，可以从各个部门抽调一些人员，组成一个名称为“乡村关系治理委员会”的专门机构，它的作用好比如国务院的监察部，不受其它行政部门约束，直接向总理负责，或者像法国的
宪法法院那样，独立行使职权。这样一来，它就可以尽可能地在制度上排除来自其它行政机关的非法干扰。同时，民法、行政法、
刑法应针对乡--村关系中的违法现象进行必要的增补，使专门委员会开展工作时有法可依。当然，如果这个专门委员会在全国范围内组织建立的条件还不具备，或觉不成熟，也可以考虑在某些已经具备了条件的省份先期进行试点。
