迄今为止，我国的民事诉讼理论对于辩论主义的理论依据、制度构造、适用范围、操作技术等问题并没有全面、系统和深入的研究和阐述；已有的研究成果也没有实现与实务操作的充分对接，对于实务操作所起到的指导作用并不明显。与此相应，法律职业群体尤其是法官职业群体也都没有接受过系统的有关辩论主义的理论学习和职业培训，辩论主义的思维方法尚未形成和普及。由于缺乏理论的指导和思维的配套，我国当前的辩论主义在实施过程中必然遭遇难题。其中最为突出的问题就是如何界定辩论主义的适用的事实范围。在立法中区分事实种类并以此确定辩论主义的适用范围并无可行性，国外亦无此先例，这一问题只能通过法学理论和法官思维加以解决。从日本的情况来看，从要件事实出发将案件事实区分为主要事实、间接事实和辅助事实并将辩论主义适用于主要事实，具有充分的合理性和较强的可操作性，并且已在其长期的司法实践中经受了检验。总体上看，根据《证据规定》，辩论主义适用的事实乃是当事人的诉讼请求所依据的事实和反驳对方的诉讼请求所依据的事实，这一事实的范围存在模糊性和不确定性。由于缺乏理论指导和思维配套，法院在审判实务中确定辩论主义适用的事实范围时，必然面临无所适从的困惑并极有可能产生处理不当的后果。
3. 制度设计不完善
与德、日等大陆法系国家的立法相比，《证据规定》中体现辩论主义要求的制度规范本身存在以下三点不足之处：
(1) 未从整体上充分和明确排除辩论主义在身份关系诉讼中的适用。身份关系诉讼涉及社会公共利益以及他人权益，需要通过法院的职权介入以保护这些利益，为此大陆法系国家在坚持辩论主义的同时，明确排除辩论主义对于身份关系诉讼的适用。如日本就婚姻、收养、亲子关系案件专门制定了人事诉讼程序法，明文规定排除
民事诉讼法中属于辩论主义的条文的适用，同时规定法院对于当事人未提出的事实可进行调查证据，并对当事人所未提出的事实加以考虑。[23]《证据规定》注意到了身份关系诉讼的特殊性。其第8 条规定，如果一方当事人承认的事实是涉及身份关系的事实，不能免除对方当事人的举证责任。据此，在自认问题上《证据规定》排除了辩论主义在身份关系诉讼中的适用。但是，《证据规定》并没有规定法院审理身份关系诉讼时可以考虑未经当事人主张的涉及身份关系的事实，亦未明确规定法院就涉及身份关系的事实可以依职权调查收集证据。可见，《证据规定》只是限制了辩论主义在身份关系诉讼中的适用，没有在整体上充分和明确地排除辩论主义在此类诉讼中的适用。这就可能导致法院对身份关系诉讼的审理不能满足此类纠纷处理的特殊要求，导致处理结果的不妥当或不合理。
