3、发包程序不合法。现行法律对农村集体土地所有权主体的概念模糊，“农民集体”没有明确的法人代表，在行使具体权力时，作为所有权人的农民集体的真实意愿难以得到真正体现，对于村民小组等基层组织，在发包土地时，并未按照法律规定由村民小组会议决定，一些农村干部利用其地位，充当所有权代言人，为自己牟取利益，一旦发生争议，又以合同订立程序违法为由进行抗辩，使农民长期而有保障的土地承包经营权得不到实现。如某村民小组的原任组长以组里将土地承包给自己父亲使用，但未经过组民小组会议进行决定，现其父亲长期占有小组土地并不交纳承包费，致使村民小组起诉。
　　4、没有在法律理念上把土地承包权当作农民神圣不可侵犯的财产权利。对农民权益的保护现行法律中缺少最直接、最具体的规定。农民的积极性不能得到很好的发挥，农民的土地承包权不能得到很好落实，归根结底还要落实到法律在农村土地承包权的规定上。
　　5、缺乏必要的矛盾调处机制。农村土地承包纠纷的诉讼、调解和仲裁制度不完善，矛盾发生时没有相应的机制及时调处，有个别纠纷案件已经上升为刑事案件。同土地侵权引起的村民集体上访案时有发生。大量纠纷直接到法院起诉，而法院审理案件受相应程序法律的限制，不能及时审结，往往造成延误农时，使农村土地承包合同纠纷和农民权益得不至及时的处理和保护。
　　三、解决农村土地承包合同纠纷案件的司法对策
　　农村土地承包合同纠纷大幅上升当前中央解决“三农”问题的新形势下，不可避免的农村社会问题，此类案件处理的好坏直接关系到农村稳定，农民切身利益，农村社会的和谐发展。对于解决这一问题，应先从制度上加以保障，同时应充分发挥司法职能。
　　（一）对完善农村承包经营制度的几点建议
　　1、提高对法律形式确认和保护的农村土地承包户的市场主体的认识。保持在农村土地承包关系的长期稳定，为农业发展和农村稳定提供基本的制度保证。在依法保障农民土地承包经营权的前提下，依法、规范、有序地推进土地承包经营权多种形式的流转，稳步实现社会化服务与家庭承包经营的紧密结合。
　　2、保持与时俱进的精神状态，更新理念和观念，对农村集体土地推行自主承包。规范农村土地承包经营，缓解因为土地承包经营带来的社会矛盾和社会问题，使农民的现实利益和长远利益在土地承包经营中得到保障。正视农民对土地的承包使用权，保护农民的土地经营权，保护农民的物质利益。
　　3、加大对土地承包合同履行的保护力度，杜绝土地承包合同履行过程中的违法现象。“契约必须被遵守”，这是自罗马法起就已确立的古老法则，在当代，仍有其意义。土地承包合同的实质是一个物权契约，合同一旦生效，契约一方的承包经营人便取得了土地的部分物权权能，由于物权的位阶高、效力强，权利人具有追及力、请求力、排他力和优先力，这都是土地承包权利人受侵害时可以依据要求保护的法律理由。

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