4、对认定犯罪的认识问题。一是主体认定难。我国刑法分则规定渎职罪的主体为国家机关工作人员，何为国家机关工作人员，司法界和学术界均无异议。但是近年来，在渎职罪的司法认定中遇到不少棘手的问题。2002年九届全国人大常委会第31次会议作出了关于渎职罪立法解释的决定。该解释明确规定：“在依照法律、法规行使国家行政管理职权的组织中从事公务的人员，或者在受国家机关委托代表国家机关行使职权的组织中从事公务的人员，或者虽未列入国家机关人员编制，但在国家机关行使职权时，有渎职行为，构成犯罪的，依照
刑法有关渎职罪的规定追究刑事责任。”从这一解释可以看出，渎职罪的主体有了很大的变化，为认定渎职犯罪的主体提供了明确的法律依据，但是，由于我国正处于市场经济过渡时期，国家的体制改革不完善，出现政企不分的现象，难免产生一些怪胎，而立法解释也没有明确把渎职罪的范围从国家机关工作人员扩大到国家工作人员，因此，在办案过程中对这些怪胎很难把握，有的甚至无法可循；二是前提认定难。在渎职罪中，一些罪名成立是以存在的其他犯罪为前提。如徇私舞弊不移送刑事案件罪等，查办此类犯罪时，因而前提原罪是否构成犯罪对查办案件至关重要。而《刑诉法》第12条确立了法院定罪权，只有经人民法院依法判决后才能确定犯罪是否构成，检察机关无权判定原罪，且原罪的侦查权往往也不属于检察机关，从而原罪从法理和证据学的角度是否成立难以确定，阻碍了一些渎职罪的查处。
5、对立案标准的认识问题。当前，相当一部分罪名的立案标准模糊不一，很难把握。如徇私舞弊类型的犯罪，要求具备“徇私舞弊”的要件才能定罪，而其中的徇私是仅限于徇个人之私还是包括徇小集体和徇单位之死？对此，司法实践中有不同认识，特别是检察机关与审判机关的认识不统一，导致立案查办上的困惑。检察机关认为因为徇小集体之私，既对国家机关正常管理秩序及廉洁性造成损害，也为实现个人利益创造一定条件，显然具有明显的社会危害性。1999年最高人民检察院颁布的《关于
人民检察院直接受理立案侦查案件立案标准的规定（试行）》，就
刑法第
402条规定的徇私舞弊不移送刑事案件罪的立案标准第7款规定：“直接负责的主管人员和其他直接责任人员为牟取本单位私利而不不移交刑事案件，情节严重的”应予立案。这一规定为检察机关的观点提供了依据，可审判机关却认为徇私只能是徇个人之私，且立案和审判的标准不能相提并论，这就导致司法实践中无法履行的困境。
