第三、企业应税所得与企业财务会计所得之间的关系不明确。比如，《
企业所得税暂行条例》和《
外商投资企业和外国企业所得税法》明确规定：纳税人计算应纳税所得额时，其财务会计处理办法同国家有关税收的规定有抵触的，应当依照国家有关税收的规定计算纳税。但在计征时，将会计所得调整为应税所得的规定在具体执行和操作上还存在很多问题；而税务机关还没有能力单独实行一套完全独立的计税标准;特别是对国有企业而言,政策、法规冲突的现象还继续存在。
第四、企业所得税优惠政策效果较差。我国吸引外资的目的在于引进资金、先进技术，发展我国的基础产业和瓶颈产业。而对外资企业实行超国民税收待遇并未实现以上目的。比如，一是外商投资企业产业结构不尽合理，引进外资的总体质量偏低。投资类型绝大部分为劳动密集型企业，技术密集型、资本密集型企业所占比重较小；二是加剧了地区之间经济发展的不平衡。我国对外资企业的优惠政策主要体现为地域性的优惠政策，按“经济特区——沿海经济开发区——内地一般地区”从低到高设计梯级税率，而且特别优惠地区主要集中在沿海地区。我国经济的发展由于历史、地理等原因已存在很大的东西差距，这种歧视性的地域性优惠政策将进一步加剧地区间的不公平竞争，使经济的发展愈加不均衡。近些年来，国家虽然加大了对中西部地区的扶持力度，对中西部地区出台了比沿海地区的政策还要优惠一系列税收优惠政策，但由于中西部地区自然条件的恶劣以及基础设施建设的落后，导致其仍难以与东部沿海地区相竞争，税收优惠政策难以真正吸引东部地区资金向西部地区转移。
第五、存在双重征税,违背公平原则。我国对公司企业和股东个人分别课征企业所得税和个人所得税，并没有考虑重复征税的避免问题。这种重复征税将会使得公司在分配股利和不分配股利之间、在举债和募股之间发生一定程度的扭曲,显然不利于资源配置和整个社会的经济安全。
《税收与社会》：在个人所得税方面存在哪些缺陷？
刘剑文：尽管我国个人所得税法已基本与国际接轨,但应看到作为发展中国家，我国与国际惯例尚有一定的距离，具体表现在：第一、分类所得税制模式不适宜。我国在20世纪80年代建立个人所得税制度之初采用分类所得税制，且主要采取源泉扣缴的征收方式，这在当时是符合我国国情的，因为那时我国个人的收入普遍较低，税务机关的征管手段比较落后。但随着我国经济的发展，人均收入的不断增长，纳税主体范围的扩大，税务机关的征管水平也有了较大提高。在这种情况下，人们对个人所得税的调节收入水平的功能以及量能课税原则的要求也就越来越高。而分类所得税制与这些要求是相背的，它不符合量能课税原则，甚至满足不了
宪法上的生存权保障的要求，即对基本生活资料不课税原则。
