新破产法对别除权的程序性权利的限制首先体现在重整程序。破产法第七十五条规定，在重整期间，别除权暂停行使，除非别除权的标的物有损坏和价值减少可能，足以危害别除权人利益的，别除权人可以向人民法院请求恢复行使权利。根据新破产法第八十七条规定，按照重整计划草案，别除权将获得足额清偿，其因延期清偿所受到的损失将得到公平清偿，而不是优先清偿。这里将别除权因延期清偿所受到的损失纳入普通债权清偿的范围。重整计划一旦经法院裁定批准。别除权人在重整期间不得行使权利。
其次在和解程序中也对别除权进行了适当的限制。别除权人虽然是债权人会议的成员，但是没有表决权，债权人会议通过和解协议的决议，取决于出席会议的有表决权的债权人过半数同意，并且其代表三分之二以上的债权额。别除权人是否同意，别除权标的物的多寡均不影响和解协议的通过。
3、对别除权的实体权利实行一定的剥夺。
新破产法对别除权实体权利的剥夺主要体现在劳动债权与别除权的冲突上。劳动债权属于民法上的债权，一般是指雇员(职工)基于劳动关系，而对于雇主享有的各种请求权的总和，包括工资，各种非工资形式的报酬和福利。 1992年《保护工人债权（雇主破产）公约》第六条的规定，工人所享有的劳动债权包括以下几项：①工人对一段时间内的工资所拥有的债权，这段时间不得少于破产前或终止雇佣前的三个月。②工人根据其雇主破产或终止雇佣的当年以及前一年所从事的工作而在假日报酬方面拥有的债权。③工人对一段规定时间内的其他形式的有酬缺勤报酬所拥有的债权，这段时间不得少于破产前或终止雇佣前的三个月。④工人因其终止雇佣而应该得到的离职金。我国已经加入该公约。按照我国现行
民事诉讼法第
204条以及《破产法（试行）》第37条的规定，劳动债权的范围仅限于职工工资和劳动保险费用。新破产法第一百一十三条第一款第一项、第一百三十二条均扩大了劳动债权的范围，即劳动债权包括：破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人帐户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。世界多数国家虽然将劳动债权优先于其他债权受偿，但是大都规定劳动债权劣后于担保债权，法国则在破产法上规定别除权劣后于劳动债权受偿。
新破产法第一百三十二条规定， 本法施行后，破产人在本法公布之日前所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金，依照本法第一百一十三条的规定清偿后不足以清偿的部分，以本法第一百零九条规定的特定财产优先于对该特定财产享有担保权的权利人受偿。这里的特定财产就是别除权的标的。该规定是对别除权人的权利不当剥夺，也是现阶段立法者在劳动债权和担保债权博奕时的无奈选择。 该条明显参考了
国务院《关于在若干城市试行国有企业破产有关问题的通知》国发[1994]59号文件和
国务院《关于在若干城市试行国有企业兼并破产和职工再就业有关问题的补充通知》国发[1997]10号文件相关规定。上述两个文件是我国在社会转型时期的特殊产物，适合解决从计划经济向市场经济过渡时期的国有企业改制带来的职工生活问题。新破产法第一百三十二条的规定，有利于解决我国经济转型时期，靠市场经济规则难以解决的破产企业职工劳动债权清偿问题，对企业职工劳动债权的保护极为有利。该条同时规定，在新破产法颁布后，产生的劳动债权不适用该规定，从而使别除权的受损程度降到可以预期的范围。
