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高科技知识的应用，为法官审查判断证据提出了新的难题。当科学知识、科学方法、科学效力这些术语充斥于法庭审判时，司法证明已不再是简单的事实判断和单纯的法律适用问题。科学的不确定性和伪科学问题是法官在审查判断证据时经常要面临的问题。对“科学证据”进行认定、对“伪科学”进行鉴别，这已超出了传统法官技能的范围。[3]因此，他们不得不借助于专家的分析、判断。在这个意义上，专家被视为“科学的法官”，专家及其所提供的鉴定结论在司法活动中的重要性也就不言而喻了。
鉴定结论在诉讼活动中的地位和作用日益突出，但现行司法鉴定体制却难以适应现实的需要。这主要表现在：第一，诉讼中对司法鉴定的依赖性过强，但是，我国司法鉴定机构和鉴定人员的现状却使其难以依赖；第二，我国通过审判方式改革加强了当事人在诉讼活动中的参与，但是，司法鉴定体制却并未随之进行调整，抑制了当事人的诉讼需求；第三，司法鉴定中所出现的各种问题如虚假鉴定、多方鉴定、重复鉴定等，都直接或间接地交给法官，法官在处理这些问题时常处于尴尬的地位；第四，我国三大诉讼法对司法鉴定问题作了规定，但总体上过于简略，其中一些规定如司法鉴定的启动权为公安、司法机关所垄断、允许以鉴定部门的名义提供鉴定结论、允许以宣读鉴定结论的方式取代鉴定人出庭等，在实践中产生了较多的弊端。以上种种问题归结到一点就是：现行司法鉴定体制难以保障鉴定结论的客观性、公正性、科学性、可靠性，并进而影响司法裁判的可接受性。因此，需要通过改革司法鉴定体制，消除或缓解司法活动中所面临的现实矛盾，促进科技证明方法的良好运用，增强司法裁判的可接受性。
二、司法鉴定机构的设立与管理
由于诉讼涉及的专门性问题多种多样，因此，对司法鉴定的范围很难予以明确界定。司法实践中较常见的有法医病理鉴定、法医临床鉴定、法医精神病鉴定、法医物证鉴定、法医毒物鉴定、文书鉴定、痕迹鉴定、微量物证鉴定等类型。[4]司法鉴定机构主要从事上述鉴定业务。
司法鉴定机构的设立与管理主要涉及两方面的问题：一是司法鉴定机构的归属问题，二是司法鉴定机构的资质控制问题。前者关系到司法鉴定的独立性与中立性，后者则关系到司法鉴定的科学性与可靠性。
我国现有的司法鉴定机构大体上可以分为两类：一类是隶属于公、检、法部门的鉴定机构，另一类是面向社会提供服务的鉴定机构。前者存在的主要问题是鉴定机构缺乏中立性，公、检、法机关在各自的诉讼阶段指派或聘请隶属于本部门的鉴定人进行鉴定，容易导致在司法鉴定问题上的暗箱操作；后者存在的主要问题是鉴定机构缺乏有效的管理，容易出现随意出具鉴定结论、事后又难以追究责任的状况。因此，对于前者，主要需要弱化其官方色彩；对于后者，则主要需要加强对其资质的控制。具体而言，可以采取以下做法：第一，司法鉴定机构的设立，需经省级以上司法行政部门批准。这不仅包括面向社会提供服务的司法鉴定机构，也包括隶属于公、检、法部门的司法鉴定机构。这样做，有利于对司法鉴定机构统一进行规范化管理，避免司法鉴定机构在资质方面出现问题。第二，将公、检、法部门现有的内部鉴定机构剥离出来，由国家司法行政部门统一管理。这样有助于保障司法鉴定机构的独立性和中立性。第三，设立司法鉴定机构，必须满足一定的条件。这些条件是开展司法鉴定业务必须具备的，如住所、设备、资金、专业人员等。主管部门在批准设立司法鉴定机构时，需对上述诸项条件进行严格把关，以防止不具备基本条件的鉴定机构从事鉴定业务。司法鉴定对鉴定设备、仪器具有较高要求，主管部门在批准设立司法鉴定机构时，须对此进行严格审查。第四，将司法鉴定机构的设立分为两种方式：申请设立与直接设立。前者针对面向社会提供服务的司法鉴定机构；后者则针对公、检、法部门内部设立的司法鉴定机构。关于后者，笔者的基本设想是：通过司法行政部门直接设立司法鉴定机构的方式，将公、检、法内部设立的鉴定机构独立出来，由司法行政部门重新进行整合，建立从中央到地方的统一的司法鉴定中心。该中心可在侦查机关内部设立派出机构，以便及时地对侦查活动中的某些专门性问题作出鉴定，但是，该派出机构在行政领导、编制、工资、福利待遇等方面都与侦查机关脱钩。另外，考虑到侦查活动具有及时性的特点，侦查机关可以设立技术侦查人员。这些人员不具有鉴定人身分，而是协助侦查起诉的“专家辅助人”。由这些人员所提供的技术意见只能作为勘验、检查笔录，其效力有别于司法鉴定机构所作的鉴定结论。
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