但是，在战争、动员和戒严等紧急状态体制（特别是在战争体制）中，军事机关则一跃成为应对紧急危机的主导主体，立法机关和司法机关的权力往往会转移到军事机关，从而集决策、执行和裁判权力于一身，从根本上改变国家的宪政构造。根据我国目前关于战争、动员和和戒严方面的法律规定，在战争、动员或戒严状态下，军事机关的地位都将极大提高，甚至超出了行政机关的地位。虽然根据《
中华人民共和国国防法》（以下简称
《国防法》）第
14条的规定，在战争或动员状态下国务院和中央军委都是领导机关，但是从该法第
12、
13条关于国务院和中央军委的职权规定来看，无论是对武装力量的统一指挥，还是对军事战略和武装力量的作战方针决定以及向全国人大提出议案方面，都属于中央军委职权。而国务院的主要职权则是：（1）编制国防建设发展规划和计划；（2）制定国防建设方面的方针、政策和行政法规；（3）领导和管理国防科研生产；（4）领导和管理拥军优属工作和退出现役的军人的安置工作等等。显然，国务院的作用只是为战争或动员做准备。当国家宣布进行战争或动员状态时，中央军委是主要的领导机关。根据《
中华人民共和国戒严法》（以下简称
《戒严法》）第
3条的规定，我国的戒严状态分为两种：一是全国或者个别省、自治区的直辖市的戒严；另一种是省、自治区和直辖市的范围内部分地区的戒严。对于第一种戒严的决定，是由最高国家权力机关决定的；第二种戒严的决定，是由国务院决定的。但无论是那一种戒严，军事机关的地位都增强。根据
《戒严法》第
8条和第
10条的规定，在戒严期间，戒严实施机关应当成立戒严指挥机构，统一部署和实施戒严措施。戒严任务由人民警察、武装警察执行。必要时由中央军委指派的人民解放军协助执行。
