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当事人之间签订专利许可协议的目的各不相同，这可以从两个方面进行考察：一方面从专利权人的角度看，签订专利许可协议是专利权人将其专利技术转化为现实生产力、收回研发投资的重要手段。除特殊情况外，不论是企业、政府还是个人，从事技术研发都需要投入资金，从事高新技术、前沿技术和创新研发更是需要巨额资金，而技术研发成功并取得专利权后，付诸实施则有利于收回投资。对于政府资助的研发项目，除了通过将专利技术付诸实施收回投资外，更重要的意义可能还在于实现其设立项目时所确立的目标或目的，如填补国内技术空白、解决某些方面突出的现实需要（如关于防止SARS病毒的研究，其目的在于应对紧急情况、确保国民的生命安全）或者其他的特殊需要等。这种专利许可，对专利权人的意义更加重大。另一方面，从被许可人的角度看，签订专利许可协议是其获得专利技术实施权的必要途径。被许可人获得专利技术实施权，不仅可以获得其急需的技术，而且可以在很大程度上避免技术研发的投资风险。在某些特殊情况下，被许可人可能根本不具备自己所需技术的研发能力或者没有研发所需的资金，因此，通过签订专利许可协议获得专利技术的实施权，是一种很好的途径。
正因为如此，专利许可协议对当事人双方都具有非常重要的意义。对一项具体许可协议的当事人双方而言，其签订专利许可协议有一个共同目的，即为了实施专利技术。但是，由于商业运营之技巧、商业信息的不对称或者其他原因，当事人双方在签订专利许可协议的谈判过程中心态不一。某一方或者双方总会表现出对所谈问题的冷漠或者关注。结果是，态度冷漠者往往会获得更加有利于自己的地位，而关注者则相反。本是处于同等地位或者互惠互利状态下的交易，却因为某些原因而向着有利于一方的方向发展，于是便出现了专利许可协议中的有色条款：处于有利地位的一方总是希望获得更加强大的竞争优势，从而给对方附加一些限制条件，在某些特殊情况下甚至附加一些过分的限制条件；处于不利地位的一方，因担心失去可能达成的许可协议而对另一方提出的不利于自己的条款盲目地接受。
值得注意的是，一方面由于有形财产权之客体是有形物，能够被其所有人或者经所有人授权的其他人直接地支配和控制，因此，对它的利用基本能够按照其所有人或者经所有人授权的其他人的意志而进行。而专利权却不同，作为其客体的专利技术是一种无形物，它可以在同一时间为若干不同的人所掌握，从而导致出现对专利技术的实施脱离专利权人或者经其授权的其他人控制的局面。因此，在专利许可协议中订立一些条款对当事人一方或者双方加以限制，防止其越权实施专利技术，不仅具有一定的合理性和正当性，而且也具有某种必要性。另一方面，专利权虽然与有形财产权一样，都是一种绝对权，具有排除他人干涉的效力，但是，对有形物的利用一般不会对市场的正当竞争秩序造成不利影响，不会使经营者的竞争地位得以明显提升或下降，而对专利技术的实施却可能直接导致经营者在相关市场上竞争地位的提升或者使相关市场上其他经营者竞争地位下降，对专利技术的滥用或者不适当地限制别人使用，还可能导致市场竞争秩序的混乱。这样的例子不胜枚举。最典型的例子就是DVD播放机中的“专利池”问题。6C集团和3C集团采用专利陷阱策略，引诱我国的DVD播放机生产企业首先进入圈套，然后使我国的许多DVD播放机生产企业陷进去，听任其摆布。①
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