（二）“无害通过”制度是否就阻碍了“国家主权”正确发挥其应有的功能呢？可以很肯定的说，“无害通过制度”并没有阻碍“国家主权”正确发挥其应有功能。相反，是更有利于“国家主权”作用发挥。为了说明这个问题，可以作如下解析：
1．这就要看国家在领海中到底拥有的是怎样的“主权”。按照德国国际法学家沃尔夫刚•格拉夫•魏智通的国际法中的空间的划分，领海属于“国家区域”，即全面主权下的属地空间 。但是这是一个相当特殊的区域，因为其与内水及群岛水域相比，沿海国家对领海的管辖权受到了更多的限制，换句话说，在离海岸越远的海洋区域，沿海国家的权力就越小。这是与整个国际空间秩序从传统的国家机制的“纵向性”向“横向化”转化分不开的，因为国际社会更加注重“功能主权” 对国际社会秩序的作用了。既然是“功能主权”也就应更注重如何在不影响“国家主权”完整的前提下，发挥领海的功能价值。
2．从另一个角度来看，“无害通过”制度对非沿海国具有更为重要的意义，因为这关系到权利是否平等的问题。“权利平等”、“法律面前人人平等”是不争的法律格言。这里的“人”是抽象的人，即法律关系中的主体。国际法也是法，国家也是国际法中的“人”，就更不用说其他主体了。既然如此国际法中国家间也应遵从这样的格言。而“主权”可以说就是国家在国际法中权利的一种最为重要的体现，那么，每个国家也就享有平等的权利，不能因所处地理位置不一样，就要被剥夺某些权利 。这样只能因此形成国际社会中的“专制”，并进而阻碍环境劣势的国家充分发展，同时实质上有损于整个国际社会中“主权”最大效用的发挥。而“无害通过”制度正好是为解决此问题而被设计的，它让不同国家间不会因为某些先天因素而被剥夺某些权利。
综上，其实要说“无害通过”制度与“国家主权”制度的真正意义上碰撞仅有历史长河中的那么一瞬，即“无害通过”刚形成之时。在这之前，根本就无所谓“无害通过”这一说，当然不会有碰撞了。而在形成之后，随着“国家主权”内涵的不断发展，“无害通过”制度与“国家主权”也成国为一种相生相克的关系，但更为主要的是“无害通过”制度能使“国家主权”合理化、最大化的得到体现。
三、
《领海及毗连区法》因何排除“军用船舶”对“无害通过”制度的适用
前面花了很大的篇幅在写“无害通过”制度的合理性，主要目的是为了奠定一个很好的基石，因为要说明我国“军用船舶”“无害通过”制度排除适用是否合理，首先就要说明“无害通过”制度是否合理及与其相关的一些问题。然后在这个项下来讨论本文要论及的问题就容易多了，基本上可以不言自明。
