一，“简单事实”与“法理事实”之比较
　　若将候陈/高南两份《起诉书》(注1/2)加以比较分析可发现，存在一个关键问题即：双方对“特别费”司法原理与事实的认定和解释方面，存在着的明显司法差异问题。如果说，司法所面对的事实，存在有“当事人行为事实”与“行为原因/致因事实”两个方面的差别，以及如何进行司法认定的法律相关性等重要问题，需要首先理清的话。那么，在马英九案中，候/高检强调的仅仅是特别费支领后，“有无用罄”这样一个“关键”事实。并依此作出许多在司法上有违“事实情理”的“非法律”的推断假定，然后再据此进行司法推理，得出诸多错误的司法判断(如，假定特别费专门账户“事实”存在，以排斥资金一体和互为替代性；以不据凭证部分之“公款”仍然据公款属性之武断认定，而排斥否定行政部门的法律解释/实质推断，与当事人据以法理事实所作出辩解。故而，仅以原账户有存留款项，而认定“不法犯罪”；再以用领据方式“事实”发生，推定使会计人员造成“错误”，而断定其“欺诈罪成”，等等。)(注2)。
　　而陈/南检强调并作出判定所依据的“事实”，应该说是一个广义的“法理事实”概念；而且许多是对“特别费”行为现象具关键性影响或决定性的“事实”如：相沿成习的制度实践中的行政惯例；特别费支取使用中的长期实际操作情况之“事实”，和依据这些事实而采信特别费具“实质补贴”性质的立法解释，等等。显然，如果忽略这些基本事实，并作出对司法量刑的关键要件(如主观犯意/是否欺瞒/余款存留的原因等)的错误假定，就不可能作出正确的司法判断。由此，可以发现候/高检在《起诉书》中所采取的大部分假定与推断，都是建立在“虚拟假定”而不是法理事实基础上的(注6)。对此作出仔细分析，即可以认知其得出偏狭错误司法结论的原因与根源何在！所以，如果仅仅按照候/高检在《起诉书》中罗列依据的“简单的事实”存在，而忽略普遍的大量的关键性的法理事实与制度事实根因等。那么，这种“实证”方法与现代科学的法理实证方法，还是相去甚远！依此所作出的司法结论，也是经不起法律与社会检视的。
　　二，双方司法检查的标准及其实质：
　　“现金标准”与是否用罄 VS 制度现象根源与法理原则适用判断
　　从候/高检的《起诉书》中，不但可以看到“国务机要费案”的影响(这是候办马案不可能回避的一个难点)，以及刻意保持但实际发生的“一致性差异”：即都是将其作为“公款”加以侦别，并对“现金支领与使用”作相同处理(凡涉及“现金”者，即不作“违法”认定！同陈瑞仁办“国务机要费案”见注8)。但忽视了两案在不需凭证款项领取方面存在的“现金领取”与“汇入账户”的事实差别！从而，产生对马英九汇入账户的这部分款项的严格清查的司法差别对待与处置的“实质双重标准”。同时，由于前案从事实上讲，只是“个案”，所以，并没有或不可能作深入的制度背景和原因审视判断(或者说，陈瑞仁在“国务机要费案”中，只注重在“必须凭证部分”款项使用方面的侦讯和依法追究。原则上和相对来说，不需要作其它方面的司法判断要求(注8)。至于目前是否要加以重新审视，应该说是个“议题”)。

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