纠问程序的功绩在于使人们认识到追究犯罪并非受害人的私事，而是国家的职责。但其严重错误在于将追究犯罪的任务交给了法官，从而使法官与当事人合为一体。还有，纠问程序在证明方法上推翻了建立在信仰与迷信之上的证据制度，却矫枉过正的采用了法定证据制度，并默认了刑讯的合法性。由此可见，纠问程序是一种无辩护的单方面刑事追诉的诉讼制度，法官一身兼二任，既控诉又审判，由于受当时国家对犯罪过于敌对的态度所决定，司法过程中没有赋予被告人辩护权。
控审合一与刑讯的盛行共同为纠问程序培育了自己的掘墓人：前者，由于纠问程序只有法官和被指控人两方，而被指控人面对具备法官绝对权力的追诉人，束手无策，正如纠问程序适用的谚语所言：“控告人如果成为法官，就需要上帝作为律师”。后者，刑讯的盛行使得诉讼程序成为国家为追诉犯罪而施展酷刑的工具。如何保障被告人的权利尤其是无辜人的权利就历史的成为必然思考的问题。针对国家而增加的保护无辜人的要求，促使纠问程序大约从1848年开始向现代刑事程序的转变。49
现代刑事程序吸取了纠问程序中国家、官方对犯罪追诉的原则（职权原则），同时又保留了中世纪的无告诉即无法官原则（自诉原则），并将这两者与国家公诉原则相联结，产生了公诉人的职位50。又由于启蒙思想的影响以及对近代以来国家不断侵犯人权现象的反思，辩护权得以在强大的国家追诉空隙中产生。51随着人权观念的普及以及民权运动的推动，辩护权获得了相当的完善。无论是盛行职权主义的大陆法系国家，还是实行对抗制的英美法系国家，尤其是后者，控辩双方在诉讼过程中基本能够平等对抗。即使也有很多国家，虽然限于犯罪观念与制度方面的拘束，辩护方还远远不具有和控诉方进行抗衡的能力，但他们仍然把控辩的平等对抗作为一种改革的目标。因此可以说，控辩双方平等对抗已经成为现代刑事诉讼制度的重要特征。
围绕如何实现控辩平等对抗这一目标，刑事诉讼在制度方面不断作出努力，以思考如何限制国家公权力，提升被追诉人在诉讼中的地位并增加其诉讼权利为逻辑起点，设计了大量的犯罪嫌疑人、被告人对抗侦查与起诉的制度规则，其中以证据排除规则为著。诉讼程序因之日趋缜密与繁琐，诉讼进程越来越缓慢而困难。结果，刑事诉讼过程文明化的同时，国家追诉犯罪的难度也越来越大。
但现代社会中的犯罪并没有因为国家在刑事追诉过程中的保障人权的努力而减少多少，相反，随着经济的发展、社会的变迁，犯罪与日俱增。这时，以控辩双方平等对抗为旨归的刑事诉讼程序，在犯罪控制方面显得力不从心。此时，担负着控制犯罪使命的控诉机关不得不思考，如何在追究犯罪与权力的程序约束之间取得平衡？摒弃控辩之间无谓的对抗，在一些案件中进行互惠性的合作与协商已经成为一种普遍性的解决方案。这一过程从辩诉交易诞生起算，到20世纪90年代达到高峰，控辩关系从形式到理念都随着社会的变迁而重塑，其影响之巨，以至于有学者称该过程是一场“悄悄的革命”。52
常规的刑事司法模式中，检察官充当公诉人的角色，但在协商程序中，他不再只是一个司法官，更倾向于行政官的角色。他不再只定位于一个纯粹法律的看护人，所考虑的不止是一个合法性要件，还有公共利益的要求。正如台湾学者在讨论缓起诉时所指出的，检察官要变成所谓公益代表人，甚至是刑事政策制定者与执行者的角色，也就是行政官的角色。从刑事政策制定者与执行者的角色来关照缓起诉的运用时，就可以发现检察官的功能是比以前更大了，不是把案件结掉就好，对于社会整个次序、被害人的照顾与被告人权的保障都要全面去关照，这就是所谓的公益角色，而不再只是司法官只考虑法律的角色。53
（3）审判阶段
裁判权主要由两部分组成：事实的认定与法律责任的决断。常规刑事诉讼是一种诉权与裁判权分离、相互制约的模式，裁决的制作者是传统的审判主体——法官或者法官与陪审团，他们独立的行使裁判权，控诉方与辩护方只能通过法庭辩论、交叉询问等来间接影响裁判结果，并不能直接参与裁决，因此审判主体在诉讼中称为独立的第三方（the third party），刑事被告人只能消极的接受单方面的裁决。从此意义上讲，常规的刑事司法是纯粹的国家司法（state justice），由此形成的秩序是一种“服从的秩序”。
但协商模式打破了这种“三角形”的审判结构：它是诉权与裁判权直接的对话模式，诉权分隔了裁判权中的一部分事实认定权，法官只保留了完整的程序上的法律审核权。法官的角色也发生了变化：由案件的裁判官到刑事政策的实施者、社会政策的关注者。过去，由法官单方面确定刑罚是为了衡量罪责和出于预防的目的；在协商模式中，法官由如下思想导引：被告人通过协商而同意的刑罚能够更好的补偿罪责和为社会服务。这种情况在德国尤为明显。54
一般而言，协商模式以被追诉人认罪为前提，赋予诉讼当事人程序选择权与相当程度的实体处分权，旨在提高利益主体的自决权，以控辩双方诚信的协商来增强裁决结果的接纳力度与司法威信。其中体现了一种契约精神。这也使得诉讼程序的运作有些不拘一格，具有“反程序”的一面。常规刑事司法模式则固守刑事司法是为“保证
刑法的正确实施，惩罚犯罪、保护人民”而设，注重严格的规则之治并追求绝对的程序公正。在这种情况下，判决不是建立在努力查明事实真相的基础上，而是基于假定的案件事实和被告人对这种处理的认可上。
比如在德国的协商性司法模式中，被告人不再仅仅局限于听命的角色，只能接受将对他作出的决定。他感到自己有权在诉讼程序中，建设性的参与罪责和刑罚的确定。通过类似的方法，辩护人越来越被看成是平等的伙伴，共同与法官和检察官寻求解决问题的策略，并且在他必须出现的时候，坚定的为其当事人而努力。法官和检察官自身也准备将辩护人作为合作伙伴而加以承认。55
5、运作程序上的不同特点
两类司法模式在理论基础、价值目标与法律原则的不同，具体表现为司法运作程序上的不同特点。从总体上看：
（1）法院中心论v.s诉讼阶段论
常规刑事司法模式注重法院在整个司法系统中的作用，侦查权、控诉权以审判权为导向，法院因之处于中心地位，强调审判中心主义，案件的最终解决往往只在审判阶段完成，胜诉的技术实际上集中于法庭审理过程中的技巧；协商性司法与之相对，它注重刑事纠纷在诉讼各个阶段的便捷处分，胜诉的技术平摊在侦查、起诉与审判各个阶段，司法制度因之形成 “诉讼阶段论”。侦查、起诉与审判阶段都能处分案件，同时，把刑罚的遏制、报应与恢复等功能寓于程序之中，增强了程序的处分能力。
（2）强制性司法v.s合意式司法
以诉讼程序规则对参与主体的束缚力度为标准，刑事司法模式可以分为强制性司法与合意式司法：如果诉讼参与主体不能更改程序规则，必须在规则之中处理纠纷，这种司法可以称为强制性司法；相反，如果诉讼参与主体可以变更或放弃程序规则以及相应的程序权利义务，能够通过协商的方式解决纠纷的，这种司法可以称为合意式司法。
常规刑事司法模式以程序规则至上为原则，关注程序是否被严格遵守、
刑法实体目标是否不打折扣的予以实现，司法裁量权因之受到很大限制，司法机关在刑事诉讼中更多地思考如何实现法律规则的目的，如何在法律框架内解决刑事案件。在此意义上，它是一种强制性司法，这也决定了常规司法的结果必然是零合裁决（zero-sum decisions），一方胜利一方失败。协商性司法虽然不能说蔑视程序规则，但它基本上遵循一种“软规则”、可协商的规则，诉讼参与主体只要能达成合意，可以不受某些刚性规则的约束，因此可以称为“合意式司法”。相应的，前者形成的是封闭的程序，强调技术法条主义，法网收缩，形式主义与仪式化成为其外在特征；后者形成的是开放的程序，使法网变宽，56司法程序不拘泥于形式主义和仪式性。
（3）证据规则形成案件事实v.s协商假定案件事实
从证据事实到“协商事实”是两类司法制度在证据法领域的重要分水岭。通过法定手段查明案件真相，在证据事实的基础上，严格依照规则或判例追究刑事责任是常规刑事司法的一大特色，即使对抗制与讯问制在查明真相的方法、价值取向方面存在很大差异，但该类司法体系都以证据事实为运作基础。而协商性司法并不把探究事实真相作为制度的唯一出发点，很多时候根本就不作为出发点，诉讼效率与成本计算、当事人意愿与裁决的社会效果才是其重要的参考系数，法官对控辩双方达成的协议一般也只进行程序审查。如此以来，协商性司法的裁判基础是一种协商下的假定事实，而不是按照证据法来证明的事实。所以，“合意原则”成为协商性司法证据制度的基本原则，比如比较广泛的适用自认制度，以及合意下证人不出庭规则。传统证据法领域的一些原则与制度在此基本被抽空，比如确保公正价值的直接言词原则、传闻证据规则，一系列的举证、质证与认证程序也基本备而不用。正如德国的魏根特教授所言，在协商的刑事诉讼制度中，判决不是建立在努力查明事实真相的基础上，而是基于假定的案件事实和被告人对这种处理的认可上。判决变成了没有内容的一种仪式，而且这种做法违反了公开审判原则和口头审判原则。57
（二）协商性司法与常规司法模式的“对立统一”关系
由于协商性司法从内在价值到外在制度设计，都与常规刑事司法模式存在许多差异，所以两者难免有相互排斥的一面。但由于两类司法模式都存在各自的不足与内在功能局限，所以它们又呈现出相互补充与相互依赖的一面。
1、协商性司法对常规刑事司法模式的功能补充
通过对协商性司法成因的历史考察可以发现，它是对常规司法模式反思的产物，是刑事司法制度在现代社会所出现的一种诉讼形态。从本质上讲，它是试图在“司法制度内部发展司法制度”的一种“自我完善”，因而不会对常规司法模式予以完全否定。而且，在解决刑事纠纷方面，协商性司法对常规刑事司法模式起到补充作用。
从诉讼主体影响裁决结果的方式来看，大体有两种：一是间接的，即通过对抗、辩论影响法官裁决，这是常规刑事司法模式的作法；二是直接方式，控辩双方就案件的处理意见达成合意，法官只需对他们达成的协议予以确认，从而避开了正式审判，这是协商性司法的运作原理。由此，在处理刑事案件过程中，两者就形成了一种功能上的相互替代或补充关系，某类比较适合常规刑事司法模式解决，而某类案件更适合协商模式来处理。
由于控辩之间的对抗，常规刑事司法程序变得过于复杂、耗时而昂贵。而协商模式以其柔性有效的“润滑” 常规刑事司法模式的刚性所带来的学究与迂腐，进而对庞大、臃肿的司法体系起到维系与修缮作用。两者共融的理念是“不同的刑事案件适用不同的程序”。实践证明，协商性司法在消弭刑事案件争议、维持社会秩序方面是常规刑事司法模式的一种替代或补充。比如，污点证人作证豁免制度以及某些缓起诉情形，实际上是扮演了常规司法程序中的重要侦查工具的角色，有力的支持了对同案被告人的控诉。
2、协商性司法对常规刑事司法程序的依赖
虽然协商性司法有不同于常规刑事司法模式的价值目标、法律原则与制度，但它仍不过是一些体现独特诉讼精神的零散制度，还无法前后勾连成为严密的体系，在具体的适用程序方面还不足以另立门户。常规司法刑事程序的许多规则与具体原则仍然适用，比如法定侦查机关有权实施犯罪侦查、控方负有举证责任、法官进行最终裁决等等。所以，和常规刑事司法模式相比，协商性司法中的侦查、控诉与审判都可能是一种“半产品”，案件的侦查、证据材料的收集与提供、不偏不倚的事实发现都可能不需进行到底，案件就终结了，因此从总体呈现为一种“不充分的司法程序”。这就决定了协商性司法的运作很大程度上依赖于常规的司法制度、规则，协商性司法中的法律救济就是其中的典型。
由于协商性司法不充分的程序架构，作为其中一部分的“被告人与被害人权利保障程序”也显得不充分，如此以来，如何保障被告人与被害人权益就成了协商性司法中的一个大问题。比如在辩诉交易中，由于缺乏充分的程序保障机制，控诉机关因此可能迫使那些无辜的人作有罪答辩。58
为了完善被告人与被害人的权利保障，不得不寻求常规刑事司法救济程序的支持。比如，针对辩诉交易中控诉裁量权有可能被滥用，美国大多数法庭用两种标准（或其一）来审查可能的非法控诉。针对检察官个人滥用控诉裁量权的申告，一般用“动机标准”(motive test)，它主要检查检察官对某特定被告人进行指控的主观心态。如果法庭确定检察官有一个不恰当的动机，那么，其控诉行为无效。由于“动机标准”聚焦于个体检察官的行为，因此，它对评价制度性控诉实践则显得能力不足。在评价那些不涉及基本权利的制度性实践时，有的法庭运用“理性基础标准”（rational basis test）。该标准认为，只要受到非议的控诉行为与国家正当利益之间有某种关系，那么，该控诉就不存在滥用裁量权的问题。59
因此可以说，协商性司法制度如同断线的珠子镶嵌于常规刑事司法模式之中，处于“补充地位”而不是对既有司法模式的全方位替代。
协商性司法与常规刑事司法模式之所以有功能上的相互补充与制度上的交叉，重要原因在于，它们除了差异还存在诸多共通之处，相近的真相观就是一例：它们都不关心事实真相。前者用诉讼参与人用合意来消解事实，后者是凭借程序规则、证据规则裁剪事实，波斯纳对此评论道，法律制度常常满足于“形式上的”精确而不是“实质上的”准确，这也就是，它只能满足于程序规则（诸如举证规则）强加的结果确定性，而无法解决事实的不确定60。
