企业所得税法在税收优惠方面也有诸多新规定，总的原则是对重点扶持和鼓励发展的产业和项目给予优惠。
企业所得税法在税收优惠方面作了明文规定，防止人为滥用权限使用税收优惠政策造成企业不公平竞争，扰乱社会主义市场秩序。本法规定应当免除企业所得税的包括：国债利息收入；符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益；在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益；符合条件的非营利组织的收入。可以免、减企业所得税的包括：从事农、林、牧、渔业项目的所得；从事国家重点扶持的公共基础设施项目投资经营的所得；从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得；符合条件的技术转让所得；符合条件的小型微利企业，减按20%的税率征收企业所得税。另外规定国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15％的税率征收企业所得税，充分体现了国家提倡建设创新经济社会的执政理念。这些规定对促进建设社会主义新农村、增加农民收入将会起到很大的促进作用。对构建我国循环经济和节约社会也是一个难得的良法。
企业所得税法对非居民企业在国内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税，这种制度就是源泉扣缴。源泉扣缴顾名思义就是以支付人为扣缴义务人，从源头上扣交企业所得税款。对非居民企业在中国境内取得工程作业和劳务所得应纳的所得税，税务机关可以指定工程价款或者劳务费的支付人为扣缴义务人。
企业所得税法为防止关联企业之间互相转移所得收益逃避缴纳税金，本法占用一个章节的内容规范了企业和关联方之间特别纳税调整制度。这项制度主要包括预约定价办法，这种办法也称作为预约定价协议。企业可以向税务机关提出与其关联方之间业务往来的定价原则和计算方法，税务机关与企业协商、制定一系列合理的标准解决关联交易的定价及相应的税收问题，这是国际惯例的一种。在具体适用时，企业必须注意向税务机关报送
企业所得税纳税申报表时，应说明关联企业之间发生的业务并附送年度关联业务往来报告表。企业如果不提供或者提供虚假、不完整业务往来资料的，税务机关有权依法核定其应纳税所得额，但是企业从其关联方接受的债权性投资与权益性投资的比例超过规定标准而发生的利息支出，应在纳税时扣除。
