其一，大理院现审死罪案件均由总检察厅起诉，大理院审判后移交总检察厅，即日解报法部，5 日后大理院具奏请旨声请饬下法部施行，奉旨后由大理院咨报法部。监候人犯，照例办理，立决人犯，即日札令总检察厅行刑事，由法部按月汇案奏闻。
其二，大理院覆判外省未设审判厅地方专奏汇奏死罪案件，于具奏时声请饬下法部施行，奉旨后即日迳由大理院咨报法部，由法部行文各该省分别照例办理，毋庸经由总检察厅。
其三，京外高等地方审判各厅所定死罪案件，在京由各该检察长呈报法部，在外由各该检察长或监督检察官缮呈提法司申报法部。监候人犯，在京由法部汇案办理，在外由该省提法司照例分别实缓申报法部照例核办，立决人犯，应请旨行刑者，由法部具奏，奉旨后札行各该检察厅办理。
《法院编制法》只是从组织法的角度对审判权与司法行政权作了一个原则性的界定，而上述规定则从诉讼程序上明确了审判机关与司法行政机关的职权及其界限。至此，死罪案件的终审权由初级以上的各级审判厅掌握，法部只负责奏报等程序上的事务以及执行事务。
(二) 审判监督程序
宪政编查馆认为可以借鉴外国的非常上告与再审制度，弥补判决确定制度可能产生的漏洞。由于非常上告与再审制度有待《
刑事诉讼法》加以规定，故该办法“先举纲要，以便实行”，对于死罪以下(包括死罪) 案件的非常上告程序和再审程序分别规定如下：
京外高等以下审判厅所定死罪以下刑事案件判决确定后，其上告审级之检察厅如果查有原判误断为有罪，或原判失之过重，并且在上诉期内原检察厅应该上诉而未上诉的，可提起非常上告，如该检察厅未及自行提起，法部堂官可在查明后，随时命令该检察厅提起。
大理院以下审判衙门所定死罪以下刑事案件判决确定后，原检察厅或上级检察厅查有事实上极端错误，可提起再审。若各该检察厅未及自行提起，法部堂官可在查明后，随时命令各该检察厅提起，该案被告或被告亲属也准呈由该管检察厅请求提起。
应行再审案件，如果原系大理院判决的，仍由大理院另分他庭审判；原系高等审判厅判决者，可由上级审判衙门或本厅他(注：原文如此，似缺一字。与下文对照，应为“庭”字。) 审判；原系地方初级审判厅判决的，得由上级或本厅他庭或就近同级审判厅审判；原系初级审判厅判决的，得由上级或就近同级审判厅审判。
据此，检察厅及法部对死罪以下所有案件均有权提起非常上告及再审，从而承担起审判监督责任。
上告与非常上告均由于适用法律错误而提起，再审则是因为认定事实错误而提起。由于大理院是最高终审衙门，对其审理的案件无法提起非常上告，故非常上告程序主要适用于京外高等以下审判厅。而再审程序则适用包括大理院在内的所有审判衙门。
(三) 遣流以下案件的执行与奏报制度
宪政编查馆认为有关死罪施行的办法既然已经确定，则遣、流以下各罪的施行办法亦须制定。传统制度存在着重大缺陷，为此提出方案如下：
大理院、京外高等地方审判各厅所定遣、流案件，移交各该检察厅依法执行。应发者由该厅行文，按月汇报法部存案。徒罪案件，分别按季汇报法部存案。各初级审判厅判决刑事案件，于年终汇报法部备案。外省未设审判厅的地方，所有遣、流以下案件应该咨候部覆的，由各督抚咨报大理院，等大理院核定并且咨达法部后，再由法部转咨施行。例归外结之案，无论罪名轻重，也应由法部下令执行。
