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尽管与《法院编制法》同日颁布的谕旨重申了审判独立原则：“嗣后各审判衙门，朝廷既予以独立执法之权，行政各官即不准干涉”，尽管《法院编制法》对部院权限作了尽可能清晰的划分，但由于新旧制度的交替，司法独立不可能一蹴而就。部分宗室案件仍由宗人府自行办理，蒙古死罪案件仍然由理藩院参与审理，而秋朝审也仍然由法部办理[3] (P11817) 。这是制度转型过程中不可避免的。直至宣统二年，废除秋朝审之后，法部才不再染指司法审判。而蒙古死罪案件由于其特殊性，直至宣统二年仍然由理藩院主稿，大理院复判[6] 。而一个月后，法部在拟定《死罪施行详细办法》时，又在案件覆核、恩赦事务上对审判权提出明确要求。法部以外国司法大臣可令检察机关提起非常上告及再审制度为借口，要求由法部对大理院所定死罪案件进行监督“， 如有引断及事实上发见疑误之处，即按照《法院编制法》加以询问，俾其陈述意见”。法部还认为大理院判决案件中如有“应请赦宥者”，以及“如服制情轻，应夹签声叙由立决量减监候及例内载明请旨定夺并援案两请应行随案减等者”，与外国司法大臣奏请特赦之权相符，故均应参照各国司法大臣奏请特赦之制，由大理院判定后，咨报法部专折具奏。京外高等地方审判厅死罪案件如有应请赦宥及发见疑误之处，也照此办理。宪政编查馆认为“， 除恭逢恩诏大典应由法部办理及有特旨赦免者”这两种情况外，法部不得办理有关赦免事务。其他恩赦事务应该由法部如何办理，留待核议《刑事诉讼律》时再加以规定。对于法部认为与恩赦事宜相似，应由其办理的“服制情轻，应夹签声叙由立决量减监候及例内载明请旨定夺并援案两请应行随案减等者”，宪政编查馆认为引律减等毕竟是“断罪当然之事”，仍由各审判衙门依法办理，故此项案件，是大理院现审或覆判的，由该院奏请；是京外高等地方审判厅判决的，按此次奏定的办法分别呈报法部。
可以说，自部院之争以来，法部制约审判权的企图一直没有泯灭，它不甘心退出司法审判领域，一直伺机寻找突破口，试图重新干预、制约审判。法部源于本能的扩权冲动和对司法审判权的执拗说明在司法制度的近代转型过程中，司法独立本身始终是一场不可避免的争斗。
三、部院分工合作
在各级审判厅未能全部设立之前， 《法院编制法》的很多规定只能是纸上谈兵，它对部院在司法活动中的分工协作等细节问题不可能做出详细规定。而此时， 《民事诉讼律》与《刑事诉讼律》仍在编订之中，各种案件尤其是死罪案件的审理与执行无法可依。为解决这一问题，1910 年2 月，宪政编查馆在法部所拟方案的基础上，奏定了《死罪施行详细办法》[6] 。为利于推行，宪政编查馆还为此发布了相应咨文。（第一历史档案馆会议政务处全宗(全宗号35 - 3 - 3) 共收有9 项咨文，其顺序号为710 ，文件号为6301 - 6309。这9 项咨文重申了《法院编制法》与《死罪施行详细办法》所确定的重要原则，要求一体遵行。）该办法的内容主要有四大方面，即：死罪案件的审理与执行程序，死罪以下案件的审判监督程序，遣流以下案件的施行与奏报制度，重新厘定的大理院审判权限。《死罪施行详细办法》以司法独立原则为指归，对部院在司法活动中的分工合作作出了明确规定。该办法解决了《法院编制法》遗留下来的问题，在诉讼律尚未颁布时，起到了部分代替诉讼法的作用，向审判独立又前进了一步。
(一) 死罪案件的奏报与执行程序
该办法在死罪案件的奏报与执行程序上借鉴了外国刑事诉讼制度。根据外国刑事诉讼制度，死罪案件宣告后，检察官要将诉讼纪录向司法大臣汇报，未得到司法大臣命令前不得执行死刑。审判权与行政权在死罪案件上的界限是：审判各官的职权，止于按律定罪，定罪后一切上奏、施行、审察事务，则纯属行政范围。该办法以此为依据，结合当时各级审判厅未及全部设立，大理院仍然覆判地方死罪案件的现实，对死罪案件的审理与执行程序作了如下规定：
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