在妥议方案公布后的半年内，我们有理由相信法部在筹备各级审判厅的工作中的领导地位已逐渐确立起来。在1907 年12 月《法部奏陈开办京师各级审判厅情形折》[4]中，法部已对人事权、司法区划权和案件移交等事宜作了相应处理，这说明法部已全面承担起筹备京师各级审判厅的工作，同时也意味着大理院已彻底从行政事务中退出，不再负责筹备工作。
1908 年，清政府在全国民众请愿要求速开国会的压力之下，为保住政府在民众心目中仅有的一点威信，不得不将预备立宪向前推进一步。1908 年8 月27 日，清廷批准了宪政编查馆与资政院将奏呈的《
宪法大纲》、《议院法要领》、《选举法要领》和《逐年筹备事宜清单》。这些法规、办法的颁行，拉动了预备立宪进入实质性阶段。根据《九年筹备事宜清单》，法部的主要任务一是修改新刑律，与修订法律大臣同办；二是筹办各级审判厅，与各省督抚同办。根据清廷的要求，法部于1909 年4 月17 日奏呈了分期筹办清单。法部首先报告了自1907 年12 月间创设京师各级裁判厅以来已经完成的改革事项如下：奏请交宪政编查馆核议的有《各级审判厅试办章程》和《各省提法司衙门官制》，奏准试办的有《京师诉讼状纸简明章程》、《司法警察及营翼地方办事章程》。接着，法部胪列了分期筹办司法行政的清单，计有筹设京师各级审判厅检察厅、修改筹办实施新刑律、筹办京师模范监狱等13 项[1] (P1233 - 234) 。从这份清单中可以看出，全面的司法改革已经并将继续在法部领导下渐次展开。
《逐年筹备事宜清单》在“司法独立”项下，规定以7 年时间建立各级审判厅，至于肩负司法独立重任的大理院应办的事项却未著一字。这种冷落无论是出于何种原因都说明大理院的存在对于急功近利的清政府而言，其地位已大不如前。或许是为了免于陷入过分尴尬的境地，大理院于1909 年4 月27 日自行提出了本院的筹备事项，计有三项：其一是
建筑法庭、改造看守所；其二是遣员出洋实地练习；其三是编刻判决录。而这三项能否举行，“胥视款之有无为断”[1] (P1239 - 240) 。三项简单的条款，与大理院曾热情高涨地投入各项改革的情景形成了鲜明的对比。如果说大理院从司法行政领域事务中抽身而退，堪称彻底，法部在司法行政事务上的领导权的确立也堪称迅速，那么法部退出审判事务的过程却并非如此快捷。
(四) 法部退出审判领域
与大理院在半年内即彻底退出司法行政领域不同的是，法部的司法审判权直至1910 年《法院编制法》颁布才寿终正寝。而在此前及此后法部都明确表示了扩张审判权的要求。1909 年4 月2 日，御史徐定超提出厘定司法官制的设想，建议扩大法部的各项权力[1] 。对此，法部尚书戴鸿慈表示赞同，建议采纳徐氏的意见，修正当时实行的“和衷妥议”方案，排除大理院参与覆核案件的权力，而由法部独自承担[5] 。在司法独立之声不绝于耳的当口，徐氏的意见及戴氏的态度说明肯定法部在司法审判上的权力的观点在朝臣中仍有市场。
《法院编制法》颁布之时，奏定该法的宪政编查馆声称该法是划分部院权限的依据，部院据此“各专责成”。法部主管全国司法行政事务，任用法官，划分司法区域，进行司法调查；大理院则依法办理最高审判、统一解释法令等事务。对于之前部院争执激烈的死罪案件覆核问题，宪政编查馆特别提到大理院现审死罪案件无须再咨送法部覆核， “以重审判独立之权。”[3] (P11817) 言下之意，其他各类死罪案件，亦无须再报法部覆核。明确否定法部对死罪案件的覆核权，也就否定了法部对所有案件的覆核权，这可说是司法独立向前迈出的一大步。
