我国的产权交易机构原先属于国家体改委主管。2003年国务院成立了国务院国有资产监督管理委员会，产权交易归口国资委管理，国资委还专门成立了产权管理局。为了加强产权交易市场的功能，中央和地方的国资部门出台了一系列的政策文件。2003年11月，国资委主任李荣融提出筹建南北两大产权交易市场，从而统一全国产权交易市场，加快产权交易的步伐。之后，各地产权交易市场纷纷进行整合。2003年12月18日，上海产权交易所和上海技术产权交易所合并成上海联合产权交易所；2004年2月初，西部产权交易所合并了陕西技术产权交易所；2004年2月14日，北京产权交易中心与中关村技术产权交易所合并成北京产权交易所。2003年12月31日，国资委和财政部出台了《
企业国有产权转让管理暂行办法》，规定了国有非上市股份有限公司的股权转让必须在产权交易机构里公开进行转让，不受地区、行业、出资或者隶属关系的限制。这样产权交易所的地位就显得重要起来。2004年7月14日，国资委发布了《
关于做好产权交易机构选择确定工作的指导意见》规定了选择产权交易机构的工作原则：国资监管机构在选择产权交易机构时，应按照“打破区域限制、立足规范运作、促进资源共享、利于长远发展”的原则，按统一的标准和条件在全国范围内公开进行。因此，很多产权交易所为了能够成为国资部门选定的具有从事国有产权转让资格的产权交易机构，不断加强自身建设，规范操作程序。2004年国资委又发文，暂将上海联合产权交易所、天津产权交易中心和北京产权交易所作为试点，负责发布中央企业的国有产权转让信息，并由其或其所在的区域性产权市场组织相关产权交易活动。
3.非上市股份有限公司的股权登记托管业务得到了一些地方的肯定和发展
非上市股份有限公司的股权托管业务在1998年中央整顿金融秩序的时候，曾经停办。1998年
国务院办公厅转发证监会关于《清理整顿场外非法股票交易方案》的通知中认为属于清理整顿对象与范围的非法股票交易，是指未经国务院批准擅自设立的产权交易所（中心）、证券交易中心和证券交易自动报价系统等机构，所从事的非上市公司股票、股权证等股权类证券（以下简称“股票”）的交易活动。而且证监会迄今仍然认为非上市股份有限公司的股份交易行为是非法的，属于非法经营证券业务行为，应该严厉打击和取缔。证监会办公厅在2003年发布《关于处理非法代理买卖未上市公司股票有关问题的紧急通知》（证监办发[2003]15号），2004年证监会《关于进一步打击以证券期货投资为名进行违法犯罪活动的紧急通知》，严厉禁止代理和买卖非上市公司股票，但是证监会所指的非上市股份有限公司的股票交易业务属于非法，具体违反了什么法律的什么规定，不甚明确。自2000年以来，河南、青岛、深圳、陕西等地相继出台有关规定，开展非上市公司的股权登记托管业务，为非上市股份有限公司提供股权托管、股权质押、增资扩股、转让过户、分红派息等服务。这种做法不仅为股权的有效合理流动提供了良好的市场环境，而且为产权交易市场的发展创造了条件，股权托管实际上是对过去的最大禁区——权证交易和拆细交易的一种突破。⑤2002年12月27日，经上海市政府同意，成立了上海非上市股份有限公司股权托管中心，负责为本市非上市股份有限公司的股权办理集中托管、过户、挂失、查询、分红等业务。江西省在2004年12月25日发布了《关于对非上市股份有限公司股权实行集中托管的通知》规定省产交所负责为托管企业提供托管登记、股东开户、查询挂失、质押冻结、变更过户、分红派息、信息发布等服务。在出现过著名的“兰州证券黑市”的甘肃省，甘肃省国资委和省工商局于2005年4月联合下发了《关于非上市股份有限公司股权集中登记托管有关问题的通知》，要求凡在省工商局登记注册的非上市股份有限公司，务必在2005年9月30日前到甘肃股权登记托管有限责任公司办理股权登记手续。深圳市工商行政管理局深工商函[2004]58号文件规定：深圳市工商行政管理局对深圳市非上市股份有限公司的股权变更不再进行登记，变更登记业务移交深圳国际高新技术产权交易所办理。凡已在深圳国际高新技术产权交易所办理股权登记托管的深圳市非上市股份有限公司，其由深圳国际高新技术产权交易所出具的公司股东名册和股权证持有卡合法有效，股东权益受法律保护。
