《国家赔偿法》第二十条规定：“赔偿义务机关对依法确认有本法第十五条、第十六条规定的情形之一的，应当给予赔偿。赔偿请求人要求确认有本法第十五条、第十六条规定情形之一的，被要求的机关不予确认的，赔偿请求人有权申诉。赔偿请求人要求赔偿，应当先向赔偿义务机关提出。”即出现《国家赔偿法》第十五条、第十六条规定的刑事案件侵犯人身权、财产权的情形，确认违法与司法赔偿应该适用不同的程序。另《国家赔偿法》第三十一条规定：“人民法院在民事诉讼、行政诉讼过程中违法侵权应予赔偿的行为适用刑事赔偿程序。”即在民事诉讼、行政诉讼中的违法侵权行为的非刑事司法赔偿程序，也适用《国家赔偿法》第二十条规定的确认违法与司法赔偿分设的程序。
　　但《国家赔偿法》第九条却规定：“赔偿请求人要求行政赔偿可以在提起行政诉讼时一并提出。”即确认违法与行政赔偿的程序可以合并，可以不适用《国家赔偿法》第二十条规定的程序。综上，除了行政赔偿外，司法赔偿（刑事案件实体、程序中涉及的刑事赔偿和民事诉讼、行政诉讼过程中涉及的非刑事司法赔偿）均应适用《国家赔偿法》第二十条规定的确认与赔偿分设的程序。也即赔偿请求人申请司法赔偿，必须先向侵权机关或者侵权机关的上级机关申请对违法行为进行确认，然后才能进入司法赔偿程序。[7]

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