另外，在一些以确定行为人的故意和意志等主观因素为定案关键的案件中，事实的确定程度还必须依据一定的事实，按照经验法则做出推断，这就很难避免推断的主观性，不同的法官也必定会有不同的判断结论。因此，裁判者查明案件事实尽管以客观性为目标，但由于侦查、起诉、审判的每一过程都渗透着主体的主观性和能动性，最终所查明的事实只能是客观性与主观性的统一。更何况，裁判者即使是受过良好法律训练的人，也难以完全摆脱常人所具有的一切弱点，如情绪、自私、偏见等。这显然也会对案件事实的认定活动产生重大影响。“客观真实说”实际上设定了这样一个前提，即每一个审判人员都精通法律、经验丰富、精明强干且公正廉明，这显然是与实际情况不符的。正因为如此，美国现实主义法学家弗兰克甚至认为，作为裁判基础的事实只能是“主观事实”，即法官、陪审员所发现的事实，而不是在初审以前，在特定时间、地点实际发生的“客观事实”。[9]也正因为如此，我们才必须承认，司法实践中必然存在着我们无法查证清楚甚至根本无法查证的案件，也难以保障司法裁判不出现冤假错案。这早已为中外历史上无数司法裁判所证明。法国当代著名律师勒内•弗洛奥在《错案》一书中，列举引用了数十个有名的错案案例，并且在该书的引言中还指出，公正的审判是不容易的事情，许多外界因素会欺骗那些最认真、最审慎的法官，不确切的资料，可疑的证据，假证人，以及得出了错误结论的鉴定，等等，都可能导致对无辜者判刑[10]。
缺陷之四：以“客观真实说”指导立法和司法实践，不仅不利于一些体现现代法治精神的诉讼原则和诉讼制度在我国刑事诉讼法中的确立，也容易为执法者提供违反程序的口实，使得诉讼程序在有损实体真实发现时被漠然抛弃
在“客观真实说”思想的指导下，有关沉默权、证人特权规则、司法审查机制等一系列保护嫌疑人、被告人的措施始终无法得到确立。关于“客观真实说”对立法的负面影响而言，我们可以从立法者在对待无罪推定原则的态度上窥见一斑。无罪推定原则被认为不符合刑事诉讼的客观实际情况，不符合马克思主义的认识论，不能在我国确立。在全国人大常委会法制工作委员会“
关于刑事诉讼法制定、修改情况和主要的说明材料”中，笔者就曾见到这样的论述：“我们坚决反对有罪推定，但也不是西方那种无罪推定，而是以客观事实为根据。”中国
刑事诉讼法“没有规定，法院判决有罪前推定为无罪。因为，如果这样规定，在法院判决前推定为无罪，那么侦查机关为什么还要进行侦查?!为什么还要采取强制措施?!既然推定为无罪，那么检察机关为什么有的还要审查起诉?!法院为什么还要开庭审理?!我们坚持以事实为根据的原则，在法院判决有罪前，不能说是罪犯，但也不能说就没有犯罪嫌疑，而是实事求是，进行侦查，客观地依法收集有罪、无罪、罪重、罪轻的各种证据，是否犯罪，最后由法院根据事实来审判确定。”再如，由于沉默权规则被认为与建立在辩证唯物主义认识论基础上的实事求是原则相矛盾，因此与无罪推定一样在中国受到立法者的冷落。全国人大常委会法制工作委员会在“
关于刑事诉讼法制定、修改情况和主要的说明材料”中就有这样一段表述：“我们严禁刑讯逼供，但犯罪嫌疑人对侦查人员的提问，应当如实回答，有罪就是有罪，无罪就是无罪，罪重就罪重，罪轻就罪轻，是否坦白，是衡量有无悔过表现的一把尺子，坦白可以从宽。”
