刑事诉讼与民事（行政）诉讼性质上有根本性的区别。刑事诉讼解决的是被告人是否犯罪以及因犯罪行为受到何种刑罚的问题。而民事案件起源于民事纠纷，民事诉讼主要是解决当事人之间的民事权利和义务关系，其承担责任的方式主要是财产责任。
由于二者诉讼性质上的区别，所以刑事诉讼与民事诉讼存有许多不同的原则，其具体制度亦大相径庭。主要体现在：其一，诉讼程序启动上不同。刑事诉讼实行“公诉为主，自诉为辅”的起诉制度。在我国，除自诉案件外，凡符合法律规定的起诉条件的，检察机关不得滥用自由裁量权，必须提起公诉，将被告人交付审判。否则，公安机关或被害人均可依法对其制约，督促检察机关提起公诉或由被害人转为自诉。但在民事诉讼中，法律规定严格实行当事人处分原则，起诉权完全掌握在当事人手中，虽然
民事诉讼法规定有“支持起诉原则”，国家、社会团体、企业事业单位和个人可以支持受损害的单位或者个人起诉，但他们并不能独立地行使和处分当事人的起诉权。其二，诉辩双方在诉讼中的地位不同。刑事公诉案件中，作为控方的国家公诉机关和侦查机关拥有极大的司法强制权。只要符合法定条件，追诉机关可以对被追诉人实行限制甚至剥夺人身自由的各种强制措施。被追诉人只能在辩护律师的帮助下处于消极的防御地位。而在民事诉讼中，作为诉方的原告与作为辩方的被告处于完全平等的地位，二者享有完全对等的诉讼权利。其三，审判机关在不同诉讼中的地位和作用不完全相同。尽管修改后的
刑事诉讼法对我国原“强职权主义”诉讼模式进行了较大的改革，使人民法院在审判活动中的中立地位有所增强。但综观整个诉讼制度和程序，由于我国人民检察院有着与人民法院同样的国家司法机关的性质，促使人民法院在审理检察机关起诉的案件中，难以真正成为完全中立的“仲裁者”。而在我国民事诉讼中，法官的中立地位则较为明显。这种区别还可以从法律对法院在不同诉讼中收集调查证据的不同要求上略见一斑。刑诉法第43条规定，在刑事诉讼中，人民法院原则上仍应全面、客观地调查收集证据。而在民事诉讼中，一般应遵循“谁主张、谁举证”的原则，人民法院只有在“必要时”才负有收集证据的职责，法官原则上充当消极的仲裁者。其四，其他的一些具体制度亦不尽相同。如在刑事诉讼中，公诉案件不得调解，被害人与被诉人不能自行和解；但在民事诉讼中，调解贯彻诉讼的始终，当事人之间也可以和解。又如，刑事诉讼实行公、检、法三机关“配合制约”机制，而民事诉讼则不存在该项制度。刑事诉讼适用辩护制度，民事诉讼则实行辩论原则，等等。
