具体来讲，辩诉交易和刑事实体正义的冲突表现在：首先，没有达到罪刑相当的要求，使犯罪者逃脱应有的惩罚。在辩诉交易中，检察机关对犯罪的指控或者法院对犯罪者裁判的刑罚都没有到位，使犯罪者逃脱了依照法律应被指控而未被指控的罪名和依照法律应当被判以而未被判以的刑罚。这无疑违背了罪刑相一致的
刑法基本原则。实施同样犯罪行为的不同犯罪人，可能由于对待辩诉交易的不同态度而被判以不同的刑罚。“被告的量刑可能不是建立在犯罪的基础之上。由于大量的案件使得辩诉交易成为一项惯例，对罪犯的量刑往往就与案件的具体事实、改造罪犯的需要或与社会期望对犯罪提出强有力控诉的合法利益毫无关系。”[⑧] 从而使刑事裁判由以“犯罪事实”为基础转向以“交易”为基础。这与“有罪的人得到与其罪行相当的惩罚”这一实体正义的要求相矛盾。其次，无罪的人可能枉受有罪裁判。站在辩方立场来看，其相对于代表国家利益的控诉一方来说只是一个弱小的防御主体。面对强大的公权力，辩方可能防不胜防，无力抵御。为了在不幸的前景中尽可能争取一种相对幸运的结局，被告往往愿意与控方进行交易，以认罪为代价换得从轻处罚的结果。在权衡利弊的时候，实际上无罪的被告人并不当然地比有罪的被告人显得主动和有利。他们同样面临着被宣告有罪的威胁，因而面对控方提出的辩诉交易要约常常很难下决心予以拒绝。所以在有些情况下，无罪的被告人也会违心地接受辩诉交易。特别是在一些城市中，被告人有可能在监管场所中被关押数月等待审判，即使最终被判无罪，他也受了数月磨难，而且会有相应的经济损失。对于崇尚实用主义的美国人来说，“含冤”接受辩诉交易比关在监管场所里等待“清白”更为可取。于是，一个无罪的人可能为了避免受到更大的冤枉而忍辱接受较小的冤枉，同意与控方达成交易。另外，辩诉交易中，“由于检察官不需要在法庭上提交任何证据或人，即使案件无法通过正当法律程序条款的审查，吓唬也可能导致认罪。”[⑨]这便与“无辜的人不受定罪”这一实体正义的要求相矛盾。再次，有罪的人可能不受定罪。一方面，在辩诉交易的“罪数交易”中，被告人可能犯了数个犯罪行为，检察官为了争取嫌疑人承认有罪，则会许诺将本应指控的数个犯罪改为仅指控其中的一个罪行；被告本应该被数罪并罚，但因为辩诉交易而只罚其一罪，使得其他该定的罪名成为泡影。另一方面，美国的检察官享有广泛的自由裁量权，这意味着在辩诉交易中，控方也可能撤销对被告的指控，使其根本不受刑罚惩罚。特别难以避免的是双方在形式上进行辩诉交易，而在实质上却可能进行了权钱交易，从而使得实际有罪的被告逃脱了法律的制裁。“实施犯罪行为的人被判决有罪”这一实体正义的要求从这两方面来看，是根本找不到落脚点的。最后还应特别指出，辩诉交易制度忽略了另一利益群体——被害人。辩诉交易仅在两大诉讼主体——被告人的辩护律师和检察官之间进行，双方对诉讼客体的交易与处分并不征求被害人的意见。即使实施犯罪行为的被告人被撤销指控，由于美国实行公诉垄断主义，没有赋予被害人起诉权，被害人也无能为力。更甚者，对于检察官做出的不起诉决定，没有任何审查措施。这样，被害人不仅被排斥于刑事司法体系之外，而且由于实体法的安抚功能落空，还不得不“二次受伤害”。这显然与目前国际上加强被害人人权保障的潮流背道而驰，与
刑事诉讼法保障人权的目的水火不容。
