其三，我国农村合作经济组织的组织结构上存在着重大隐患。农村社区合作组织以行政村和居民小组（相当于原生产队）为单位组织，范围较小，力量有限。社区组织具有地域性和封闭性，多考虑本社区的利益，外面的力量难以进来，或者进来后享受不同等的待遇，本社区的劳动力一旦离开就丧失他享有的权利，不利于生产要素优化组合，提高经济效益。很多社区合作组织不健全，集体经济实力薄弱，不能为家庭经营提供服务，也无力举办集体乡镇企业，对家庭经营缺乏凝聚力，难以推动当地的经济发展。所以，社区性合作经济组织大多残留着行政性质，仍未完全摆脱政社不分的束缚。在许多村，农业合作经济组织与村委会是一套班子，两块牌子，甚至是党支部、村委会和农业经济组织一套班子三块牌子。这难免使社区合作经济组织受到行政的干预，不能充分体现农民的意愿和利益，也同时削弱了合作经济组织的凝聚力。合作经济组织沦为行政附属物，与其本来性质与宗旨相去甚远。一般而言，各国的农业合作社都是在政府的积极倡导、扶持下而建立和发展起来的，并且在合作社的发展过程中，都是在政府的监督、保护下得以健康的发展。但这丝毫不意味着合作经济组织必须纳入行政范畴，因为合作经济就其本质而言是劳动者互助合作的产物，必须由劳动者来民主管理，而不能由政府越俎代庖。
其四，中国农业合作经济组织的服务领域狭窄，无法满足农业现代化的发展。社区性合作经济组织由原来的生产合作社发展而来，它不再承载组织农民集体生产的职能，相反它主要为个体农民单独的农业生产提供服务。就其服务领域来看，它应是综合性的，即为农业生产的产前、产中、产后各个环节个体农民无法独立承担的服务提供帮助。并且在面对中国当今城乡利益格局的现实情况下，社区性合作经济组织还应承担一些社会福利和社会保障的职能。从生产服务领域上看，目前中国农业经济组织已开始发挥其应有的作用，特别是在机耕、排灌、植保、运输等领域较为活跃。但总体上看，服务领域还很狭窄，除上述领域外，其余还很难向农民提供像样的服务，发展极不均衡，存在“四多四少”现象。即，产中服务多，产前产后服务少；粮食生产服务多，经济作物生产服务少；农业服务项目多，林、牧、渔服务项目少；简单的农业服务多，复杂的农业服务少。水稻机械化插秧和收割服务几乎是空白。[5]在家庭联产承包制实行之初，由于农业生产水平和生产率低下，对农业机械化和技术要求低，社区性合作经济组织的服务领域的狭窄，对于当时刚刚实行家庭经营的农户的农业生产并无重大影响。但是当家庭联产承包责任制发展到一定阶段的时候，特别是我国加入世贸组织之后农业生产要面临国际化竞争时，服务领域的狭窄制约农业生产力进一步提高的问题就凸现出来了。
其实，造成社区性合作经济组织无法成为真正合作经济组织的最主要的原因是它所依托的集体所有权缺陷所造成的，换言之，要想从根本上将现行社区性合作经济组织改造成传统合作经济组织主要就是如何完善集体所有权制度，但是后者确实是一个极为棘手的问题。如果我们将目光投向世界的范围就会发现这一问题并不是中国所特有的。因为中国的农业合作化运动可以说在整个社会主义国家中（除了波兰以外）都存在过。正是这种农业生产合作社造就了社会主义国家所特有的农业集体经济。中国同所有的社会主义国家一样，如何对集体经济进行改造以满足人们对效率和公平的双重诉求。我们也看到至今为止似乎并无一剂良方来拯救集体经济。论述到此，我们似乎偏离了我们的主题——生产合作社，转而讨论农业集体经济。事实上，在我们看来，农业生产合作社同农业集体经济是一个问题的不同方面。我们置身于一个新的国际经济体制和国内经济体制之中。三农危机已经激发起了各种讨论，也让各种各样的药方粉墨登场，我们似乎无法提出比这些药方更有价值的建议，但我们可以执拗地追问和质询某些药方的效力。比如像土地私有化的方案，我们已经有了前车之鉴。大多数东欧社会主义国家在1989年巨变后走的就是集体农庄的解体道路或私有化道路。其效果如何呢？真如人们所预料的那样实现了产权明晰，创造了能促进生产资料与劳动力最大程度结合的激励机制吗？[6]美国学者凯瑟林·弗德瑞生动地描述了罗马尼亚的解体或私有化不但造成了罗马尼亚土地的贬值和农业的彻底破产，而且也在原有的社会权力基础上创造了一个高度分化的社会体制和食利阶级。[7]波兰是东欧国家中惟一没有经历农村集体化过程的国家。也由于这一点，波兰的转轨比其他东欧国家顺利一些，从而获得了西方媒体的交口称赞。然而十年过去，波兰正由于它的备受称赞的私有农业而被欧盟拒之门外，因为西欧国家早已是大规模的农业产业了。中国农村在合作化所形成的集体经济后进行的改革既不同于东欧社会主义国家的私有化，也不同于原社会主义国家的集体农庄，但这丝毫不意味着我们的这项改革比东欧国家的私有化方案乐观得多，在当代中国城乡二元结构和多年来形成的农村债务结构之中，我们同样面临着深刻的危机。陕西的一位县宣传部长在对乡干部进行‘社会主义教育’时曾说：“社会主义好比裤腰带，只要一提，裤腰、裤裆全起来。”[8]困难在于我们到哪里去找这样的“裤腰带”。寻找这样的“裤腰带”确实需要进行十分认真而深入的研究，既需要理论勇气也需要科学的方法。在马上就要提交全国人大审议的《
中华人民共和国物权法》中起草者对于农村的集体所有权问题也没有提出什么有效的解决方法，看来指望在短期内解决集体所有权问题是不现实的，我们还有很长的路要走。正是因为这一点，我们无法采取俄罗斯的做法，即改造原有的集体经济组织与新建农业合作社同时进行，因为这种模式的前提是土地私有化。[9]
