其二，作为双层经营模式的存在基础的集体所有权本身存在的问题，使合作经济组织的发展受到严重的阻碍。家庭联产承包责任制是中国农民自下而上地自发地创造的一种农业经营模式。中国农村经济体制改革之所以最先从家庭联产承包责任开始，这是因为一方面，在计划经济体制下，由于工农业产品的剪刀差，中国农村是最苦最穷的地方。家庭联产承包制也是关系到农民切身利益最直接的部位。在人民公社高度集中的体制下，农民没有生产自主权，没有产品的处置权，劳动的收益得不到保证。农民需要挣脱这种体制的束缚，要支配自己的劳动，支配生产，支配收益，就积极往联产承包方面努力。另一方面，也因为联产承包制只涉及到农村，只关系到农民，没有更多地涉及城市和工业的利益，换言之，计划经济体制下的利益格局并没有受此影响，因此只要放宽政策，靠农民自身行动就可以实现。这一改革在当时的政治环境下应该是非常合理和理性的。但这一改革仅仅涉及到经营体制和产业结构上的问题，只解决了所有权与经营权的分离，没有解决作为历史遗留问题的集体土地所有权问题。“双层经营体制虽然承认了农户的土地使用权，但作为农民家庭经营最基本的生产要素，其所有权依然外在化。”[3]用法律语言讲，农民没有得到土地权利中的核心——所有权，所获得的使用权也是非物权性的，所以农民所享有的土地权利很不稳定，随着现行组织经营的制度环境变化，自己的土地使用权有丧失的可能性，因而会导致其生产经营的短期化倾向。
集体所有的土地存在两方面的问题。一方面是集体土地所有权主体的虚位。集体所有权按其本来含义，应当是全体集体成员的共同所有。但集体是一个非常模糊的概念，在不同的历史时期和不同的地区都可能有不同的含义。原来土地属于生产队集体所有，那是1962年确定以生产队为基础的三级所有制，实行“四固定”时划分的。农村改革时，以原生产队为单位在原有土地的基础上分别承包到户，也就是说，目前实际上还承认集体土地是以队为基础。我国《
民法通则》第
74条规定：“集体所有的土地属于村农民集体所有，由村农业生产合作社等农业集体经济组织或者村民委员会经营、管理。已经属于乡（镇）农民集体所有的，可以属于乡（镇）集体所有。”我国《
土地管理法》第
8条规定：“集体所有的土地依照法律属于村农民集体所有，由村农业生产合作社等农业集体经济组织或村民委员会经营、管理。已经属于乡（镇）农民集体经济组织所有的，可以属于乡（镇）农民集体所有。”我国《
农业法》第
11条规定：“村农民集体所有的土地已经分别属于村内两个以上农业集体经济组织所有的，可以属于各该农业集体经济组织的农民集体所有。”可见，我国立法文件对于集体土地所有权主体的规定是非常多元的，有时专门的理论工作者似乎都无法理解和把握。有学者对上述文件的基本精神解释为：在存在集体经济组织的情况下，以该组织为集体土地所有权主体；在不存在集体经济组织的情况下，以村民委员会或者村民小组为集体土地所有主体；集体土地原属于乡（镇）所有的，在乡（镇）集体土地经济组织已不存在，而由乡（镇）政府代管的情况下，按照“三级所有，队为基础”的原则，村一级集体经济组织或者村民委员会有权成为本村范围内集体土地的所有权主体。[4]此学者之所以作出这样的解释，是因为立法文件对土地所有权主体规定的模糊，使人们对集体所有权主体无法有一个清晰的认识。在实践中，村集体土地所有权并非由社区居民自治组织的村民委员会来行使，而是由村党支部来行使。乡（镇）集体土地所有权，由于乡（镇）集体经济组织的缺失或组织职能不健全，则由乡（镇）政府或少数乡（镇）干部所把持。另一方面，即使集体所有权归属于村民委员会或乡（镇）集体经济组织，但由于这些组织本身组织结构上的问题，造成了所有权的行使并不能代表这些组织内农民的集体意志，而造成了实际的“村长所有”或“长官所有”，产生了广大农民对土地的疏离感。他们通常认为自己不是土地的主人，而仅仅把自己看作是类似佃户的土地租用者。土地所有权主体的模糊性使农民生产经营的热情降温，也削弱了合作经济组织与农民之间的亲和力。所以土地所有权不明晰，中国农业合作经济组织就很难向前迈前一步。
