当前重构行政诉讼费用制度有以下几种方案：方案一，全面取消行政诉讼费用，参考
行政复议法和
国家赔偿法，在
行政诉讼法中也明确规定：法院受理行政案件，不得向原告收取任何费用。行政诉讼活动所需经费，由国家财政予以保障； 方案二，实行“原告起诉，被告买单”的诉讼费用制度，即行政诉讼原告起诉不支付任何诉讼费用，无论诉讼结果如何，诉讼费用均由被告承担（实际上也是国库负担）；方案三，仍然实行诉讼有偿主义原则，但明确规定某些类型行政案件不得收取诉讼费用； 方案四，规定行政诉讼无偿主义原则，但某些行政案件仍然要当事人支付诉讼费用（即参照瑞士的做法）。
以上方案都有一定可取之处，但方案一和方案二目前可能将面临巨大的实施难度和阻力；而方案三和方案四中某些类型案件的很难确定。经反复研究，笔者认为，目前较为可取的方案是确立以“原告免交案件受理费、被告预交其他诉讼费用、原告胜诉有权请求被告负担必要诉讼支出”为特点的行政诉讼费用制度。具体论证如下：
首先，原告提起行政诉讼应免交案件受理费，即实行“原告起诉，国家买单”制度，也就是采行政诉讼相对无偿主义。理由主要有：（1）引导和鼓励行政相对人通过和平、理性的法律途径来解决与政府的行政争议，这符合法治政府的内在要求和依法治国的基本精神；（2）人民起诉公仆、监督行政机关依法行政，法律不应设置诉讼费用障碍，这是民主法治政府的应有之义；（3）可行性：我国的财政收入在2005年已经突破三万亿元人民币，拿出其中万分之零点几的财政收入来鼓励民众监督政府，改进政府工作，既必要也完全可行，实际效果也比现有普法模式的效果要好得多。况且，现在我国每年的行政诉讼案件不多，全国总共就十万起不到，所有行政案件受理费加起来至多也就一两千万元。我国地区发展不平衡，在行政诉讼中也体现明显，在东部沿海地区，法院每年受理大量行政案件（大多涉及财产争议的行政案件也在发达地区），而在西部欠发达地区，法院每年受理的行政案件很少，甚至有些基层法院行政庭无案可审。在相对发达地区，由于大量民事案件的诉讼费和当地雄厚的财政支持，取消行政案件受理费对法院没有丝毫影响；而在欠发达地区，少的可怜的行政案件所收的为数不多的案件受理费对当地法院也没有太大的意义。在此背景下，取消行政诉讼案件受理费完全可行。
其次，其他所有诉讼费用（包括申请法院执行的费用）应改为被告方预交，诉讼结束后由败诉方承担，即“原告诉讼，被告先买单”制度。其理由是：（1）在行政诉讼中，原告往往是合法权益受到国家行政机关侵犯的行政相对人，在现有制度下提起行政诉讼来维权要先预交一笔不菲的诉讼费用。这样就导致以下两个不可回避的问题：一个是有些相对人无力支付这笔费用而无法维权； 二是在执行难背景下，预交诉讼费用意味着承担执行不能的风险。 这种风险，不应该由行政诉讼中的弱势一方来承担。（2）行政诉讼是审查被告行政行为的合法性，且法律规定行政诉讼的举证责任也是由被告承担，而其他诉讼费用主要是法院调查取证的有关费用；因此其他诉讼费用如鉴定费、勘验费应由被诉行政机关预交。如质检部门查处假冒伪劣案件，在诉讼中原告认为被告的证据不充分，法院决定进行鉴定，这也主要是为证明被告行政行为是否合法，所以费用应该由被告预交。（3）由被告预交诉讼费用的意义：可以减轻原告的起诉负担，降低原告的诉讼风险，为确有胜诉可能的相对人提供诉讼便利，免除原告对诉讼执行的后顾之忧；还可以纠正被告对行政诉讼的怠慢态度，增加被告的责任感，促进行政机关依法应诉。（4）可行性：行政诉讼的被告有诉讼费用预交能力。此外，改革的阻力比全部取消所有诉讼费用也要小的多。
