潘恩区分了自然权利(natural right)、公民权利(civil right)和公民权力(civil power)。潘恩的自然权利是伴随着人生这一自然事实而来的，但人们“在这种自然的自由状况下，他们将首先想到社会。”
因为“千百种的动机都将鼓励他们趋向这一目标，”“客观的需要象一种吸引力似的，马上会把我们这些刚到的移民组成社会。”而且“人进入社会并不是要使自己的处境比以前更坏，也不是要使自己具有的权利比以前更少，而是要让那些权利得到更好的保障。”在潘恩看来，人由自然自由状态走向社会，不是霍布斯式的恐惧驱使，也非洛克式共同裁判阙如的不便，乃是人本身追求自身的幸福使然。这隐含了关于人性趋利避害的一种价值预设，也包涵了一种关于人的幸福追求的功利因素。在自然自由状态和社会状态的分野下，潘恩坚持人的自然权利与公民权利的区分。潘恩认为，人的天赋权利是他的一切公民权利的基础。“公民权利就是人作为社会一分子所具有的权利。每一种公民权利都以个人原有的天赋权利为基础，”“每种公民权利都来自一种天赋权利。”但是“尽管个人充分具有这种权利，但却缺乏行使它们的能力。”所以人们单靠享受天赋权利是不够的，还必须在进入社会后享有公民权利――与安全和保护有关的权利。因而潘恩的自然权利与公民权利的区别建立在权利资格和行为能力区分的基础之上，在进入社会后，“人所保留的天赋权利就是所有那些权利，个人既充分具有这种权利，又有充分行使这种权利的能力。”而对于那些缺乏行使能力的权利，人们“把这种权利存入社会的公股中，并且作为社会的一分子，和社会携手合作，并使社会的权利处于优先地位，在他的权利之上。……每个人都是社会的一个股东，从而有权支取股本。”所以公民权利在潘恩看来是人们进入社会后用人的自然权利换取的，并且是为人的自然权利得到更好的保障，“在社会中，人权是不可分割或转让的，也是不可消灭的，而只能代代相传，而且任何一代都无权打破和切割这个传统。”潘恩还在此基础上区分了公民权利（civil right）和公民权力(civil power)。公民权力(civil power)由人们的各种天赋权利集合（aggregate）而成，“这种天赋权利就能力而言，在个人身上是不充分的，但若汇集到一点，就可以满足每个人的要求。”但“由种种天赋权利集合而成的权力不能用以侵犯由个人保留的那些天赋权利。个人既充分具有这些天赋权利，又有充分行使这种权利的权力。”
潘恩的人权是政府的合法性根据。在论及政府起源的原理上，潘恩区分了社会和政府。“社会是由我们的欲望所产生的，政府是由我们的邪恶所产生的；前者使我们一体同心，从而积极地增进我们的幸福，后者制止我们的恶行，从而消极地增进我们的幸福。”社会先于政府存在。“在人类中占支配地位的秩序，多半不是政府造成的结果。这个秩序发端于社会的原则和人的天性。他在政府之前就存在了，而且即使政府的那一套被取消了，它还会存在下去。”“人天生就是社会的人，几乎不可能把他排除在社会之外。”潘恩认为社会的起源在于人的自然需求超过他个人的能力，“没有社会的帮助，没有一个人能够满足自己的需求，那些对每个人起作用的需求迫使人全都参加到社会中来，就象引力把万物吸引到一个中心一样自然。”而且“在人的一生中，这种对社会之爱无时无刻不起作用。它与生俱来，至死方休。”因而“社会在各种情况下都是受人欢迎的。”但是人类在“刚刚克服了那些在共同事业中把他们团结起来的迁居之初所遇到的困难之后，立刻便开始忽视彼此应尽的责任和应有的情谊，这种怠懈表明有必要建立某种形式的统治，来弥补德行方面的缺陷。”所以政府的起源是“由于人们德行的软弱无力而有必要采用的治理世界的方式，”政府“即使在其最好的情况下，也不过是一件免不了的祸害，”其主要的意图和目的是维护人类的自由与安全。从经验层面，潘恩考察了各种政府据以建立的几种根源，“这些根源可以归纳结为三大类。第一，迷信。第二，权力。第三，社会的共同利益和人类的共同权利。第一种是受僧侣控制的政府。第二种是征服者的政府。第三种是理性的政府。”而真正合法的政府则第三类政府，即“许多个个人以他自己的自主权利互相订立一种契约以产生政府；这是政府有权利由此产生的唯一方式，也是政府有权利赖以存在的唯一原则。”正是人必然先于政府存在，人自出生享有自然权利，因而“组织我们自己的政府，乃是我们自然的权利。”并且“以道德学说、普遍和平体制和不能取消的固有人权为基础的政府”才具有正当性。这种“新”政府“从原则上来说乃是所有已经存在过的政府体制中最古老的，因为它建立在天赋的人权之上的。”在潘恩看来，“国民是一切主权之源。”（法国《人权宣言》第三条）“国民议会由国民代表组成，国民代表拥有立法权，由人民选举产生，而选举则为人民的天赋权利。”因而宪法不同于政府且先于政府。“宪法是一样先于政府的东西，而政府只是宪法的产物。”“宪法并不是政府的法令，而是人民组成政府的法令。”所以，人权是所有宪法及政府的合法性根据与渊源。
