法不溯及既往是法治的基本原则，也是WTO所要求的原则。因此，我们认为，为了防止外资企业的实际税负水平与并轨前形成太大的反差，可以让外资老企业延续旧税收优惠政策一段时间，实行“老企业老办法，新企业新办法”。对于在新法生效之前成立的外资企业，可以继续享受当前的税收优惠政策，直到优惠期满。对于在新法生效以后成立的外资企业，则应当按照新法的规定享受相关优惠政策。这样可以给外资企业一个缓冲期，以便减轻“两法合并”对外资企业所造成的冲击。同时也可以在一定程度上实现税法的稳定性，以免给国际上造成我国税法变动过于剧烈的不良印象。
　　五、统一所得税的财政划分和管理模式问题
　　1994年分税制改革以后，中央企业，中央控股、参股企业，涉外企业由国税局征管；地方企业由地税局征管。从2002年1月1日起，国家实施所得税分享体制改革，把地方企业所得税收入改为中央和地方共享收入，同时对内资企业所得税的征管范围作了进一步调整，规定新设登记企业由国税局负责征管，即中央企业中，一部分企业⑤所得税为中央收入，其余部分中央与地方按比例分享，对跨地区经营，集中缴库的中央企业所得税收入，按相关因素在有关地区之间进行分配。
　　地方企业和2001年以后新办企业全部实行中央与地方按比例分享。经国家税务总局确定的汇总纳税企业，总机构在汇总成员企业年度所得税纳税申报表的基础上，合并计算年度应纳税额时，可抵减成员企业就地预缴的当年企业所得税款；而其他跨地区企业总、分支机构，按属地管理原则分别就地纳税，就地入库。
　　外商投资企业总机构汇总缴纳的所得税和外国企业就来源于中国境内所得缴纳的所得税中，海洋石油、天然气企业缴纳的企业所得税全额归中央财政、其余部分中央分享60%，地方40%。
　　实际上，我国1994年税制改革确立的分税制是一种不完全意义上的分税制，税收管理及其财政划分实际上执行了多重标准。一方面，中央与地方之间保留按投资收益原则分配企业所得税的做法，另一方面又规定2001年以后新增企业的所得税一律由国税局征管，这将引起管理上的混乱。
　　鉴于我国政治体制、中央与地方政府间的公共服务职能分配、财政税收体制等因素，将企业所得税归为中央、地方共享税比较合适：一方面使地方得到一定收入，提供相应的地方公共物品，鼓励其改善投资环境，吸引投资，也起到对地方政府的约束作用；另一方面，使中央分享一定收入，有助于实现宏观调控，同时也可以提供相应的中央公共物品。同时在统一企业所得税法中，对于具体的分享比例以及分享级次应该予以明确。一般不应该变动，如需变动，法律也必须对分享比例变动的区间，变动的程序、条件等作明确规定。此外，对于特殊行业、企业⑥的企业所得税如要归为中央收入的话，也需在法律中明确规定。
　　而在征管问题上，在分率分享模式下，在统一税基的基础上，由两套税务局按照各自的税率征收，分别入库。在比例分享模式下，由一套税务局统一征管，然后按照分享的比例分别划入相应的国库。在我国，中央税、中央和地方共享税都是由国税局负责征收的。而目前企业所得税征收的现状是，国税局和地税局都负责征收，在这种现实情况下，如何将收益权和征管权实现有效的协调是个难题。因此我们认为，今后企业所得税应该由国税局负责征收。主要基于以下两点原因：第一，对中央地方共享税由国税机关负责征收符合国际惯例，也是我国的传统做法。如果将企业所得税归地方税务局征收， 1994 年税制改革前仅一套税务机构负责征收，导致中央财政收入征收不力的弊端有可能再度出现。第二，随着我国加入WTO，企业经营的跨国化、国际化，企业所得税征管中必然存在许多跨国合作与协调的问题；而两法合并后，对企业并不进行任何区分而统一对待，在这种情况下，面对日益复杂的征管形势，将企业所得税划归国税局征收就显得比较适宜。

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