因此，在《
民事诉讼法》没有作出修改和完善之前，对于股东代表诉讼的管辖问题将会因为没有明确统一的规定而出现一定的混乱局面。
（四）案件受理费的交付与承担
按照一般的诉讼收费安排，原告须在立案时预交案件受理费，并根据人民法院诉讼费用收取的规定交纳。一般非财产案件按件收取，财产案件按争议标的数额的相应比例收取，在案件审结后，由败诉方承担案件受理费。但是在股东代表诉讼制度中，由于股东通过代表诉讼所追究的主要是董事等的损害赔偿责任，一般均会涉及相应的赔偿数额。依目前法院收取案件受理费的相关规定，股东作为原告须向法院支付较高额的案件受理费，但是一旦诉讼胜诉，直接受益的又是公司而非股东自身，原告股东得到的只是按其持股比例算出来的间接利益；而诉讼一旦败诉，原告股东须承担包括案件受理费在内的所有诉讼费用，无疑这对原告股东来说承担的风险太大，从客观上妨碍了股东行使代表诉讼提起权，从而影响股东代表诉讼制度确立的价值和功能。为解决这一问题，在许多规定股东代表诉讼制度的立法例中，一般将股东代表诉讼定位在非财产请求权诉讼上，即按件、而不是按诉讼标的的数额大小按收取案件受理费，这将有利于激励相关股东为了公司利益提起代表诉讼。
但是，为了防止股东代表诉讼走向另一极端，即为防止股东出于各种目的滥用其诉权，在一些国家的立法例中又设计了原告诉讼费担保制度。即股东提起代表诉讼后，被告提供证据证明原告存在恶意诉讼的情形下，可以向受诉法院申请责令原告提供诉讼费用担保，一旦原告败诉，则由原告承担被告参加诉讼而发生的合理费用。诉讼费用担保的数额一般相当于被告参加诉讼而可能发生的合理费用。诉讼费用担保制度对于一些股东目的不纯的恶意诉讼起到有效的抑制作用。
目前，我国《
民事诉讼法》并没有对上述内容进行规定，而案件受理费的交付与承担又具有迫切的现实需要，因为立案就要交费，尤其涉及大额索赔的案件，将直接增大股东的经济风险。因此案件受理费的缴纳和承担问题将直接影响股东代表诉讼制度的具体落实，处理不好股东代表诉讼制度确立的意义将大打折扣。
（五）撤诉与和解问题
按照一般的诉讼制度，原告可以根据自己的意愿处分自己的民事权利（危害国家、社会利益的除外）；在提起诉讼后，原告也可以依自己的意愿撤回起诉、与被告达成和解。在股东代表诉讼中，由于诉讼程序复杂，耗时费资，当事人出于综合考虑，有时也会以和解方式结束诉讼，并撤回起诉。但是股东代表诉讼制度与一般的民事诉讼存在明显的不同，股东并非一般民事诉讼意义上的原告，在某种意义上，股东作为原告只是一种法律诉讼中的拟制，真正的原告应该是公司，股东属于一种代位诉讼的性质。显然，如果和解的结果是由公司以较优惠的价格购买原告股东的股份，则会使公司遭受“双重劫难”；如果和解的结果是由被告直接向原告股东支付赔偿金，则同样与设立股东代表诉讼制度的初衷相悖。由此可见，机械的把一般民事诉讼中的处分原则套用于股东代表诉讼，可能会产生“原告和被告通谋，以和解的方式损害公司和其他股东利益”的法律漏洞。因此，应对原告股东撤诉与和解的处分权加以限制。可以规定：未经公司的其他股东以及法院同意，原告不得撤回起诉或与被告达成和解。
