二、初查的理论困惑
这里所说的困惑，主要包括初查合法与否、必要与否、合理与否，在认识上仍有诸多困惑：
一是初查是否有明确的法律依据。从
刑事诉讼法第
86条关于“对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查”的规定来看，其无疑限定了初查的对象（专指材料）和时限（要求迅速），即使当时的法律规定未顾及其后的执法实践，但要从文义中进行扩张解释为公安机关对材料可以若干时间甚至是无限期的调查取证（即审查），并不适当。一定程度限制了初查的实施。
二是初查是否解有必要。立案条件实质是一种主观条件，它是公安机关对犯罪事实的一种主观认识，证据的证明力达到的是“认为有犯罪事实”的程度，而对于“确实”的犯罪事实还存在一定的或然性。“有证据证明有犯罪事实”，这是对犯罪嫌疑人可以逮捕的标准和对案件的预审标准，而“犯罪事实清楚，证据确实、充分”则是侦查终结的标准。这三者是层级递进关系。许多案件只有通过立案侦查才能确认犯罪事实是否确实存在，从中再设立初查环节无疑是多此一举。
三是初查是否可以适用侦查措施。一般认为，立案具有启动刑事诉讼的性质。同时这一问题又牵涉到一系列的法律问题，比如，初查可否接触被查对象，可否出示侦查机关的法律文书，可否使用
刑事诉讼法规定的调查方法；初查阶段获取的证据法庭可否采信，还是必须在立案后进行证据转换；初查阶段被调查对象的交代是否可以算做自首的情节，等等。如果确认初查的刑事诉讼性质，这些问题当然也就迎刃而解，但是如此，初查与侦查究竟有何实质区别。
四是初查能否实现确保公安机关严格、公正、文明执法的目标。我国现行刑事诉讼制度，缺乏对强制措施的司法审查机制，而是通过附加立案这一前置程序防止随意启动侦查程序的。从实际初查的效果来看，初查确实也有助于公安机关准确立案，把住立案关口；但另一方面，由于初查阶段缺乏法定的监督措施和程序，立案的质量并不能完全通过规范初查来解决，也无法保证公安机关严格、公正、文明执法。
三、初查制度在公安机关的成文引用
2005年3月试行的《公安机关办理经济犯罪案件程序的若干规定》，在立案的环节程序之中已经引用了初查制度。其第八条规定：“公安机关接受涉嫌经济犯罪线索的报案、控告、举报、自首后，应当进行审查，于七日内决定是否立案.....公安机关接受行政执法机关移送的涉嫌经济犯罪案件，应当在三日内审查完毕，并决定是否立案。”不难看出，《规定》条文中使用的是“审查”的概念，没有使用“初查”一词。“审查”是
刑事诉讼法第
86条中明确使用的概念，具有明确的法律依据，《规定》条文中使用“审查”的表述方法，与法有据，从而避免使用“初查”这一缺乏充分法律依据的概念可能导致司法理论的认识不一。在《规定》的制定起草过程中，存在着取消初查和保留初查两种对立的观点。最后还是统一到保留初查制度上来。认为在现行刑事诉讼体制对独立的立案程序尚无改变的情况下，保留其初查并加以规范，乃是一种较为容易接受和现实的选择，通过全面权衡，基于既要遵守法律的既有规定，又要保障立案审查的实际效果的指导思想，《规定》对初查与立案审查的关系进行了灵活处理。对侦查实践中的程序规范、富有成效的具体初查手段，《规定》不明确禁止。虽然初查制度存在理论上的困惑和实践中的许多问题，但初查中的许多做法，在保障人权、提高侦查效率、确保案件质量、挽回经济损失等方面发挥了积极的作用不容忽视。因此《规定》虽不采用“初查”的提法，但并不是全盘否定初查制度，对其中的程序规范、富有成效的调查措施，肯定将其转化为立案审查的手段。同时鉴于以往初查实践中存在的缺乏监督制约的弊端，《规定》一定程度规范和明确了初查的程序和方法，包括：明确立案审查的范围；规定立案审查的期限；规定了立案审查的审批程序；规定了立案审查的手段；明确了立案审查的方法；等等。目前此规定不失为各级公安机关经侦部门办理经济犯罪案件适用初查制度的规范性文件和权威的法律依据。
