（2）理事会。理事会是合作社的业务执行及对外代表机构。理事由社员大会选举产生，但可如
公司法一样规定理事的消极资格。理事会的职权有：召集社员大会；批准新社员的加入（除非社员大会保留了该项权力）；准备年度预算决算方案及年度工作报告；同意、排除或暂停社员权利的行使；决定经理及其他雇佣人选及其报酬；设立下属委员会；持续地向社员提供合作社活动的有关信息；等等。
理事对合作社事务负有审慎与勤勉义务。若因理事未履行其审慎与勤勉义务，或因违反法律法规规定、合作社章程规定、社员大会决议而致合作社损害，须负赔偿责任。
（3）监事会。监事会是合作社的监督机构，主要职责是对理事会及其经理人员或专业委员会的活动进行监督以及对合作社的财务状况进行监查。监事会由社员大会选举产生，只对社员大会负责。为履行为职责，监事会有权于任何时候获得合作社的全部信息。在理事会不履行其召集社员大会职责的情形下，监事会亦应有权召集。
8、合作社的资本形成、盈余分配与亏损弥补
（1）资本形成。合作社以自治、自立为原则，但合作社的自治与自立以其经济上的独立为基础，没有必要的经济上的独立性，合作社的自治与自立也就无从谈起。合作社的资本形成，最初来源于社员的义务型股金，即为取得社员资格需要依合作社章程的规定向合作社缴纳的股金。但由社员缴交的义务型股金规模有限，从而牵制了合作社的运营与发展。为此，合作社法一般均允许社员另行认购股份。但是，基于对合作社民主原则的维持，社员自愿认购额外股份并不能使其增加表决权，再加上资本报酬有限原则，使得社员一般不愿在章程规定的最低认股额之外再增加投资。这使得难于筹集足够的资金成为合作社的主要制度性缺陷。因此，在经济全球化的情形下，为了提升合作社的市场竞争力，促进合作社的发展，很多国家，尤其是工业化国家的立法打开了合作社的筹资大门，准许其同股份公司一样向社会筹资，发行债券与证券。但如此一来，原本已由合作社机制消解了的使用者与投资者之间的利益冲突，又将随着外部资金的进入而再次出现。这自然对合作社的特征是一个威胁。因此，小心地对合作社的内、外部融资进行平衡，便成为合作社立法的一门高深艺术。
为此，可对合作社的资本进行分类。首先，社员缴付的义务型股金是向合作社提供的维系合作社存续、实现合作社目的的经济基础，是社员不图望回报的投资，是记名的、不可分割、不可转让、流通的。其次，为防止社员平等原则遭到破坏，应对社员认购股金的数量进行限制，如浙江农民专业合作社条例第十三条规定，单个社员或者社员联合认购的股金最多不得超过股金总额的百分之二十。第三，可采取措施鼓励社员购买附加的或补充的股份，如规定所购买的附加股份不承担合作社债务，有固定利率回报，允许撤回等。第四，对非社员投资，规定其可出席社员大会，但不具有表决权等。
（2）分配制度。合作社年度结算有盈余的，应先弥补先前年度的亏损（如果有亏损的话），再提留一定比例（10%，台湾地区合作社法）的法定公积金（或公共积累基金）、公益金（合作社促进基金）（5%，台湾地区合作社法）。公积金用于合作社的生存维系、巩固与发展，该基金不可分割，不能量化到社员个人，社员对其没有按份共有权，社员退社时不得请求对其进行分割或补偿。公益金则用作合作社管理者及社员的教育与培训和合作社的促进。剩余的部分，用于股金与投资的红利发放，以及依社员与合作社间的交易额向社员为利润返还。[24]
9、合作社的审计与检查
合作社虽然是民主管理与控制的自治性组织，但社员对合作社进行直接管理仍存有困难，因此，保证合作社管理的透明性便具有非常重要的意义。这可以通过内部与外部的稽核与审计来实现。监事会的设立以及社员所为的审计属于内部的稽核，每年一度由监事会聘请的审计机构的年度审计则属于外部审计。审计的目的是查核各有关当事人是否遵守了游戏规则，同时也是对继续赋予合作社以独立法人地位的合理性进行定期论证。显然，对合作社的审计有助于加强对第三人、管理者和社员合法利益的保护。不过，基于合作社的企业与联合体的双重属性，对合作社的审计不仅要审核其财务会计帐薄与报表，即审查其经济性，而且也应该对其社会性进行审计，即审查合作社的活动是否实现了或至少是推进了合作社的预定目标，社员的民主权利是否得到了尊重等。因此，审计机构不能仅仅将其审计活动局限于事后控制，完全可以于事前对如何改进与完善合作社的管理与运营提出建议。
登记机构的检查。登记机构的检查分为依职权为之的主动性检查和应社员、理事、监事等利害关系人的申请的检查。当登记机构有理由相信：合作社不能履行其义务或有违反合作社法之情事；合作社或其成员已经实施或正准备实施违反合作社法律法规或合作社章程的行为；或社员利益正遭遇威胁时，可依职权对合作社进行检查。当四分之一以上的社员、多数理事或监事会以书面申请时，登记机构也可对合作社进行检查。[25]
10、合作社的合并、分立、转型与解散、清算
对合作社合并、分立与转换为其他主体类型的议决需得经由三分之上以上社员同意方可为之。实施合并、分立与转换为其他主体类型必须于一定期间内（1个月，台湾地区）通知债权人并公告，以及向债权人提供一个异议期。合作社合并不为前述之通知及公告，或对于在其指定之期限内提出异议之债权人，不为清偿或不提供相当之担保者，不得以其合并、分立与转换为其他主体类型对抗债权人。[26]但合作社的分立与转型只有那些公积金可分的才可为之，否则就只有先解散再设立多个合作社或转为其他类型。不赞同合并、分立与转型的社员有权要求退股，但须提前一定时日书面通知合作社，该退社申请于合并、分立与转型之日生效。
