但这一模式的不合理之处也是显而易见的，一是立案标准违背认识论原理。根据我国《
刑事诉讼法》第
86条之规定，刑事案件的立案标准是“认为有犯罪事实需要追究刑事责任”，这一标准在实践中不具有可操作性。侦查人员对案情的认识和对案件性质的判断是一个逐渐深入的过程，他们做出判断的基础是通过深入细致的侦查工作后所获得的案件证据材料。要求他们在接到报案、控告、举报、自首之初判断出是否存在犯罪事实实显然缺乏可靠的事实基础，不符合人们对客观世界的认识规律。二是达到立案标准所需要的手段缺少充分的制度依据。要达到“认为有犯罪事实需要追究刑事责任”的立案标准，必须对对立案的材料进行实体性审查。但是对于这种“审查”，《
刑事诉讼法》以及相关司法解释却未做出具体规定，也就是说立案中审查活动的法律性质以及具体操作程序都处于非常模糊的状态。《
人民检察院刑事诉讼规则》将这种审查定位为“初查”，但这一规则只在检察机关内部施行，对公安机关没有必然约束力。因此，公安机关在审查立案材料过程中采用的任何调查措施甚至强制措施应该说都是没有法律依据的，无法从法理上对这些“正当行为”的合法性进行界定，这体现出立法逻辑的内在矛盾。
（二）制度实践的问题
实践中，立案程序运作也存在不少问题，这些问题的存在，或者不利于被害人利益及公共利益的保障，或者导致有限司法资源的浪费。突出的问题有：
问题之一：“不破不立”或“有案不立”现象较为严重。
立案程序的意义在于：使适格的案件进入诉讼流程之中，确定侦查机关的追诉责任，以最大限度地保障被害人利益和公共利益的实现。然而，实践中，符合立案条件而未立案的现象还较为严重。笔者于2004年7月对S省L市中区公安分局刑警大队的调研发现，在2000年之前，主要的问题是“不破不立”，而此后则演变为“有案不立”。与“不破不立”状况相适应的是，侦查机关目标考核办法中对破案率的较高要求，如果破案率较低，则会影响到年终考评成绩。而“有案不立”则与目标考核指标要求的变化有关。该局自2001年后不再考核破案率，而是考核破案绝对数，但同时亦对发案数有所限制。原因在于：根据综合治理目标，各级公安机关都在压发案数，以符合综合治理的有关目标要求。而发案越多，则表明治安状况越差，相关的治安防范工作就存在问题。为了压发案数，对于那些可立可不立、立案与否取决于侦查机关自由裁量权的案件，一般考虑作不立案处理。侦查机关的案件处理方式并不违法程序法定原则，但却明显存在正当性问题。从制度原因的角度，可以归咎于立案标准设定过高，以致于侦查机关可以借此免除追诉责任。
