认定本罪，主要注意与其他犯罪区分开来。
1.本罪与非法占用农用土地罪的界限
（1）二者的前提相同，都要求违反土地管理法规；对象相似，搜涉及到土地；二者都可能造成土地的毁坏。二罪的不同之处在于：主体不同。本罪是特殊主体，只能由国家机关工作人员构成，放主体是主体，单位也可以构成其犯罪主体。
（2）犯罪的客观表现形式不同。本罪的客观方面表现为徇私舞弊，违反《
土地管理法》、《
森林法》、《
草原法》等法律以及有关行政法规中关于土地管理的规定，滥用职权，非法批准征用、占用土地，情节严重的行为。非法占用浓郁土地表现为违法土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏行为。
（3）前提条件不同。本罪要求行为人滥用职权实施，而非法占用农用罪责没有这个要求。
（4）犯罪对象不完全相同。本罪的对形式土地，包括农用地和其他土地，而非法占用农用地罪的犯罪对象是农用地，范围要小于本罪。
2.本罪与非法转让、倒卖土地使用权罪的界限
二者的相同之处时都属于破坏土地资源的犯罪。不同之处表现为：①主体不同。本罪为特殊主体，行为人必须是孤傲家机关工作人员。②行为方式不同。本罪的行为是非法批准征用、占用土地；非法转让、倒卖土地使用权罪的行为是非法转让、倒卖土地使用权。③前提不同。本罪要求行为人滥用职权实无特殊的目的要求，施犯罪行为，非法转让、倒卖土地使用权罪没有此项要求。④主观目的不同。本罪无特殊的目的要求，而非法转让、倒卖土地使用权罪则必须以牟利为目的。
3.本罪与受贿罪的界限
如果行为人在非法批准征用、占用土地的过程中又接受他人贿赂的，如果接受财物的数额较小，为达到受贿罪的定罪标准的，应作为收受财物数额较大、达到受贿罪的定罪标准的，则应从一重罪处罚。此种情形属于一行为触犯数个罪名的行行径和反，收受贿赂是徇私的表现。
4.主观方面
学界对于本罪的主观罪过有争议。
第一种观点认为本罪的主观方面是故意，且为直接故意，并且具有徇私舞弊的目的。 持这种观点的学者认为，认定犯罪的主观方面，应根据侵犯的客体来决定，在双重客体的情况下，应根据主要客体来认定。本罪中，行为人亵渎国家机关的正常职务活动是主要客体，故认定本罪的罪过应以行为人侵犯国家机关的正常活动处于何种心理来认定。行为人实施非法批准征用、占用土地的行为，侵犯国家机关正常职务活动是出于故意，且为直接故意，即非法批准征用、占用土地的直接故意。
