如上所述,中国限制竞争的最大表现是行政垄断,而商务部本身属于行政机关,同样存在作出部门垄断行为的可能性。如果出现这种情况,由商务部自己的下属机构来处理自己的垄断行为,从实体上讲,极可能偏于一己之私而使处理结果不公正；从程序上讲,由自己处理自己的案件,实属法治之大忌,难以使人信服。第三,作为商务部下属的反垄断机构,专门性不足。商务部承担着拟定国内国际贸易政策、法规,拟订国家贸易发展规划,拟订双边、多边经贸合作政策,负责组织协调“两反一保”及其他与进出口公平贸易相关的工作等14项（关于国务院商务部的职能详见中国商务部网站。）事关国家经济贸易发展全局的重要任务,如此繁重的职责,将反垄断工作置于这盘棋中,其重要性必然被淡化,无法体现反垄断工作的专门性。第四,作为商务部下属的反垄断机构,其权威性不足。一是商务部与其他部级机构属于并列机构,遇事只能协商解决,没有足够的权威性；二是人员构成上,只是一般的行政管理人员,缺少经济学、法学和其他相关学科的专门素养,对案件的判断和处理缺乏足够的权威性。
三、对我国反垄断执法机构设置的初步设计在设计反垄断执法机构的组织样态时,应当明确以下几点：
第一、应将反垄断与反不正当竞争的任务分别设计,由各自的部门承担。目前国际社会采取两种不同的模式,美国、日本和我国台湾将反垄断和反不正当竞争规定在一个法律之中,相应地,其执法机构兼有反垄断和反不正当竞争的双重使命,是为一元模式；而德国等国家是将反垄断和反不正当竞争分别立法的,相应地反垄断和反不正当竞争的任务也由两个不同的部门分别管辖,是为二元模式。我国采用何种模式一直是有争论的,但是考虑到反垄断和反不正当竞争的差异很大,前者宏观、原则,更多地体现了一国在特定时期的产业政策导向,有时还与国家特定时期的政治和外交政策存在着相当的关联；而后者则比较微观和具体,属于事后规制型。所以将两者分开,由不同的机关分别执法比较合理。兼之我国现行《
反不正当竞争法》虽涉及到一些垄断行为,但主要属于规制不正当竞争行为的法律,反垄断法讨论稿中也将不正当竞争行为剔除在外,只涉及垄断行为问题,所以分别立法和各自执法应是比较理想的方案。当然这样设计的一个前提是在制定反垄断法的同时,应完成对
反不正当竞争法的修改,对两部法律的规制对象和两个机构的执法任务进行明确分界。
