（3） 检察领导侦查——审查起诉阶段。案件进入审查起诉阶段之后，
　　真正意义上的控辩对抗才开始。检察官为保证控诉成功就有必要对证据不明或有欠缺的进行补充侦查。但我国的实践中，多是退回到公安机关进行补充侦查。由于二机关在地位上是相互平行的，因而经常发生消极配合、相互“扯皮”的现象。即使公安机关予以积极配合，但由于公安机关不能准确、全面理解检察官补充侦查的意图，而导致补充侦查没有取得检察官需要的结果，从而影响了控诉的成功。要改变这一问题，最好的办法就是要在立法上赋予检察机关在审查起诉阶段对公安机关补充侦查的领导权，规定由检察官根据庭审的需要而确定侦查的方向，并根据自己的意志指挥警察进行侦查。这样就能够很好实现补充侦查的制度价值和意义。
　　检警关系改革的初衷有两个，其一是改变目前司法实践中存在的“检警冲突”问题，其二便是切实保护犯罪嫌疑人的基本人权，维护司法的程序正义。因此，检警关系的改革相应的也就存在双重目标和价值。以上笔者主要是从检、警二机关的关系展开，解决的也主要是如何使刑事诉讼程序顺利进行。但是，还有一个不容忽视的，同时也更为重要的便是对犯罪嫌疑人合法权利的保护。“平等创造了司法和构成了司法。”<7>我们在构建检警关系的时候，必须注意保持侦查结构、公诉结构自身的平衡性。因此，必须建立相应的诉讼制约保障机制，以便犯罪嫌疑人、被告人的诉讼权利在刑事诉讼各个阶段都能够得到充分、有效的行使，维护其应有的诉讼权利。这也是现代刑事诉讼法人道和正义的基本特征。特别是在侦查过程中犯罪嫌疑人的人身权利和财产权利极易受到侵犯，正如前文所述，警察在侦查阶段的活动几乎是在一个全封闭的条件下进行的缺乏有效的外部监督机制，因此程序违法情况非常严重，刑讯逼供现象时有发生，严重侵害了犯罪嫌疑人的合法权利，极大损害了司法机关在人民心中的形象。如何有效的解决这些问题呢？笔者认为：
　　第一、法官以第三者的身份全面介入侦查程序，监督、制约整个侦查过程，
　　并就侦查程序以及侦查过程中采取的强制措施的合法性以及适当性作出最终的裁决。 这一解决方案近乎完美，也为众多专家、学者所津津乐道。但是由于这一方案与现行的宪政体制和诉讼结构不相适应，因此其合宪性以及合法性就是其致命缺陷。在新的体制尚未建立、旧的体制因素尚未消除的情况下，这一方案不具有可行性，而只能是一个美好的愿景和长远的目标。
　　第二、建立对被羁押的犯罪嫌疑人定时询问制度。即由检察部门的某一部门（比如监所检察部门）定时（每早或每晚）对被羁押的犯罪嫌疑人进行询问，内容只是警察有无违反程序和违法现象，并不涉及案情。这样就能使检察机关摆脱事后监督往往证据难以取得的不利因素，及时提取关于警察诸如刑讯逼供等行为的证据，从而依法予以处理，一定程度上抑制刑讯逼供等违法现象的发生。然而，这一解决方案同样存在体制上的障碍，实践中实施也会遇到阻力。

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