那么，行政诉讼制度的运作为什么不能实现行政诉讼的目的？
首先，行政立法方面的原因。目前，我国的立法尤其是行政立法相当混乱，立法中不协调和冲突现象相当严重：一些机关越权制定法规规章，或没有规章制定权也制定强制性规范；一些法规、规章同法律相重叠、相抵触，或法规之间、法规与规章之间相矛盾、相冲突；一些部门制定法规、规章时不顾及公民权益而为本部门、地方争局部利益。18法制的不协调乃至恶法的大量存在必将导致行政诉讼的不知所措，因为法院无权对违法的行政立法作出裁判，相应地对依违法的法律依据作出的具体行政行为也就无能为力了。要切实实现保护公民法人和其他社会组织的诉讼目的，从根本上即应保证大量行政立法的良法化和统一化；当然，这是一项规模浩大同时意义重大的法治系统工程了。
其次，
行政诉讼法本身亦有局限。其一，行政诉讼的受案范围过窄。我国行政诉讼法规定的受案范围仅限于部分具体行政行为，将抽象行政行为、法定最终裁决行为以及内部行政行为等均排斥在受案范围之外，显然与行政诉讼的目的不完全一致；而且，法院审查原则上不涉及行政行为合理性，但随着行政机关自由裁量权的扩张，大量合法但不合理的行政行为严重威胁着公民、法人及其他社会组织的合法权益，现行规定显然不利于行政诉讼目的之实现。其二，诉讼当事人和参加人方面，法律对原被告资格规定不够具体、明确，造成有些地方、有些法院有意将某些行政争议排斥在行政诉讼之外。其三，在起诉受理方面，法律关于起诉时效为三个月的规定显属过短，原告的诉权得不到真正保障；法律对一审法院既不受理、又无书面裁定的是否允许当事人上诉、是否属于检察院监督范围等也无明确规定，一定程度上也影响了原告的起诉权利，不利于诉讼目的之实现。其四，法律规定的执行条款不够严厉，被告行政机关不应诉、不出庭、法院判决后拒不执行十分严重，对
行政诉讼法有抵触情绪的行政机关首长还很多，某些地方政府借可能影响当地经济或行政致效率为名、千方万计阻止法院判决的执行。
再次，人们的诉讼意识较为淡泊，老百姓不知告官、不敢告官、不会告官、告后怕报复的心态普遍存在。据调查，假设受到政府侵权时，约有70%的人表示会选择正当途径和方式主张权利19；但是，根据实际情况的调查又显示，受到行政处罚的人，不服处罚的人数要高出通过正当途径提出救济的人数10倍以上20。行政诉讼的目的虽然在于保护公民、法人和其他组织的合法权益，但是长期受儒文化影响的国人自身缺乏强烈的权利意识，而又对司法权威缺乏足够的信心，此种情形下行政诉讼的保护目的就很难实现。当然，从行政机关和法院的角度来看，行政机关工作人员的“官本位”意识、法官的依附心理也是不容忽视的制度外原因21。解决问题的根子在于强化法制教育、提高法律意识、训练为权利而斗争的勇气，同时通过制度的改造和制度运作的展示增强民众对行政诉讼的信心，使民要争权利、官不敢滥用权力。
最后，我国司法体制、行政管理体制中存在的许多问题，以及日益严重的法外干预现象，根本上阻碍了
行政诉讼法的正确实施和诉讼目的的切实实现。具体来说，虽然法律明确规定法院独立行使行政审判权，但实际上法官会受到多方面的干预和影响，如上级单位或有关领导批条子、打招呼、施加压力，使得法院审理难、执行难；现行法院的依附性，实际上降低了法院独立审判的胆量和能力，从而影响法院的独立公正审理。一旦法院不中立、不独立就难以做到公正，弱小的个人在面对强大的政府又何能期待其合法权益得到保护、诉讼目的又何能实现呢？培根在几百年前曾说：“一次不公正的（司法）判断比多次不平的举动为祸尤烈。因为这些不平的举动不过弄脏了水流，而不公的判断则把水源破坏了。”22
三、行政诉讼目的与撤诉
我国行政诉讼法实施十余年来，撤诉率居高不下，行政案件的撤诉结案率逐年上升，已成为行政案件结案的主要方式。1998年以后，行政案件的撤诉率略有回落，但在撤诉案件绝对数上仍属较多。全国1996年撤诉率超过了一半；在某些地方上，情况更为严重，黑龙江省某市1995年撤诉率甚至高达总结案数的81.7%23，这些不能不引起我们对于撤诉问题的关注。
撤诉是法院受理案件后，宣告判决前，原告撤回其起诉，不要求法院审理的诉讼行为；撤诉权与起诉权相适应，原告在享有起诉权的同时也享有撤诉权。按照现代司法的一般原理，法院应是中立的、被动的裁判者，当事人在诉讼中享有充分的处分自由；原告原则上可以自由撤诉，除为防止其滥用诉权、侵害被告的正当利益，法院不对原告的撤诉申请进行实质审查。传统民事诉讼理论认为，申请撤诉必须符合自愿和合法两个条件，任何情形下都不存在绝对的撤诉自由，须经法院的审查并作出相应裁定。近年来传统理论已经受到挑战，有学者主张“取消对撤诉的许可制度，法院对当事人的撤诉行为应无条件予以确认。”24
