4、由于自诉人有自主起诉权、自行和解权、撤回起诉权以及接受法院调解的可能，使确已犯罪的刑事自诉案件的被告人是否被定罪处罚，主要赖于自诉人的意志，这与我国的犯罪理论是格格不入的，犯罪的应受惩罚性已经被刑事自诉制度击得粉碎：一切犯罪都应受到刑事处罚，但部分犯罪可因被害人的谅解而不受刑事处罚。
5、属于刑事自诉的案件，有些也可以进入公诉程序，但公诉案件的被害人并无上述权利，所以一旦进入公诉程序，就没有因自行和解、调解达成协议或撤回起诉而息讼的可能，犯罪人必然要受到刑事处罚。同样的犯罪，因诉讼程序的不同而面临两种不同的结果，有些人将有可能因被害人的谅解而免受处罚，另一些人即使取得了被害人的谅解，也绝不可能逃脱刑事处罚，实行刑事自诉制度，还违背了法律面前人人平等的原则。
6、根据
刑事诉讼法第
一百七十一条的规定，自诉案件的举证责任在自诉人，刑事自诉制度的不合理处还在于，犯罪是否受到应有的惩罚，还取决于受害人能力的大小，如果受害人举证不力，犯罪人便有可能免受处罚。被害人是否可以进行类似于侦查的收集证据的活动，以及如何规范或阻止（在不允许的情况下）也成了问题。
7、正如许多人指出的那样，对自诉案件的法律监督难以实现。实际上自诉制度的设置，本身就违反了法律监督和刑事诉讼监督的原则，既然
刑事诉讼法为自诉人规定了自主起诉、自行和解、撤回起诉以及接受调解的权利，只要自诉人认可，检察机关便失去了监督的依据，判决即使畸轻畸重甚至错误，亦当容许。
8、设置刑事自诉制度，是对检察机关的性质以及国家追究犯罪责任的方式认识不清的集中反映。谁是代表国家追究犯罪责任的主体，本文已作了较多的论述。刑事自诉的方式，完全混淆了刑事诉讼与民事诉讼的区别，在将刑事审判民事化的同时，摆脱不了纠问式审判的印痕，另一方面还赋予自然人以追究犯罪的刑事责任的权力，刑事公诉的程序已有泛化追究犯罪责任的主体的倾向，刑事自诉制度将这种倾向引入了极端。
刑事自诉制度的唯一可取之处，是节约司法资源、降低诉讼成本的考虑，但这一愿望的实现，可不以推翻犯罪理论、搅乱法律体系为代价：
1、告诉才处理的案件，告诉是犯罪构成要件，被害人等有充分的发言权，以公诉程序办理，不会对被害人等容忍的行为进行处罚。
这里的“告诉”与报案是同义的，这类案件的发生，与其它刑事案件有所不同，往往是由于某种行为的持续存在和不断积累以及被害人确实无法承受而触犯
刑法的，不是一般所谓的“发案”；被害人（及法律规定的其他主体）是否告诉，是衡量这类违法犯罪的社会危害性的标准，被害人（及法律规定的其他主体）一旦告诉，就表明这种行为的社会危害性已经达到了构成刑事犯罪的程度。
有人将“告诉”理解为私诉，赋予了提起刑事诉讼的含义，但提起刑事诉讼，就是以书面材料（起诉书或俗称的诉讼状）向审判机关主张进行刑事处罚，显然，
刑法中规定的“告诉”并没有这一层含义。
2、被害人有证据证明的轻微刑事案件，由检察机关不经侦查而直接起诉，可取得和自诉基本相同的节约司法资源、降低诉讼成本的效果，并且避免了实行自诉的种种弊端，维护了国家打击犯罪的严肃性。
3、“……应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究……的案件”，实际上是国家机关工作人员不履行职务甚至渎职的行为造成的，自有办案规则、诉讼法程序乃至整个法律体系的有力保障，要按照法律、法规和各项制度进行预防和纠正，在国家的基本法律中将之视为一种情形加以规定，是对发生这种情形的默认，在规定“以法律为准绳”的同时，还规定了不依法律为准绳时的救济措施，不但自相矛盾，而且极不严肃。
关于取消自诉制度的修改，涉及
刑事诉讼法第
十八条、第
三十三条、第
四十条、第
八十八条、第
八十九条、第
一百四十五条、第
一百七十条至第
一百七十四条、第
一百七十六条、第
一百八十条、第
一百八十四条、第
一百九十条：
1、关于第十八条：⑴将这一条作为侦查一章中一般规定一节的第一条，⑵将第二款中的“立案侦查”修改为“侦查”，⑶删除第三款。
修改说明：
⑴第十八条第一、二款是关于刑事案件的侦查责任的规定，
刑事诉讼法通过这一条规定，将一般刑事案件的侦查任务交给了公安机关，公安机关的侦查权源于这一条规定。
⑵这一条中，除了应予删除的第三款以外，与审判管辖无关，应放在侦查一章。
⑶造成管辖一章逻辑混乱的原因，是由于在实行自诉的情况下，在规定法院审判管辖的同时，还必须规定法院直接受理自诉案件，但自诉案件的排斥侦查的性质，又必须作为规定侦查机关负责侦查的案件范围时的例外，而和其列于同一条规定之中。形式混乱，是内容混乱的一种表现。
⑷在删除第三款的同时，建议将第一百三十六条修改为：“刑事案件一律实行公诉，提起公诉由人民检察院决定。”将公诉作为刑事诉讼的一项原则，以明确在刑事诉讼中是不能实行自诉的。
⑸关于“立案”的规定应集中在立案一章中，以体现法律规定的严谨性。
2、删去第三十三条第一款中“自诉案件的被告人有权随时委托辩护人”和第二款中“人民法院自受理自诉案件之日起三日以内，应当告知被告人有权委托辩护人”的规定。
3、第四十条第一款修改为“被害人及其法定代理人或者近亲属，附带民事诉讼的当事人及其法定代理人，有权委托诉讼代理人。”第二款修改为“人民检察院自决定侦查终结之日起三日以内，应当告知被害人及其法定代理人或者其近亲属、附带民事诉讼的当事人及其法定代理人有权委托诉讼代理人。”
