3、业务方面的内部控制缺位
从业务方面加以考察，经营性风险主要包括证券承销业务风险、自营业务风险、经纪业务风险和其它经营风险。目前，在这几项证券公司的传统业务中，内控制度的实施仍然存在较为明显的缺陷。
证券承销业务风险是综合类证券公司面临的风险，它是指证券公司在承销股票上市或者进行并购业务时面临的一系列风险，主要包括包销风险、违约风险、违规操作风险以及项目陷阱风险等。这些风险在我国许多证券公司的投行业务中已经显露出来，如证券公司在承销某只股票的发行时，项目选择、发行窗口、市场营销、资金准备等某个环节发生问题或准备不足，都会造成承销风险。证券市场的实际运行中已经有多起案例反映出承销风险在逐渐增大。如2002年1月18日罗牛山增发，申购不足四成，主承销商不得不出资3个多亿，包销剩余股票；1月21日，京山轻机增发的主承销商包销余股40%。大量余股包销使证券公司的流动资金占用很大，由于深度套牢使证券公司面临着巨大的资金短缺风险，进而挪用投资者交易结算资金。承销中违规操作风险也成为近年来证券公司逐渐显现的一大风险。如麦科特通过制造虚假材料发行并上市，南方证券公司参与其中，使该证券公司在名誉和资金方面造成一定的损失，也严重损害了投资者的权益；自营业务风险是目前证券公司的主要风险之一。自营的内控机制不完善表现在许多方面，如投资缺乏科学的决策程序和相应的项目评估标准，经验式决策仍然成为自营业务的主流决策方式。由于内控制度存在问题，经纪业务风险也成为证券公司最为主要的风险之一。据不完全统计，目前我国证券公司的收入与利润的60%来自于经纪业务，因此，经纪业务的风险也就构成证券公司的主要风险。由于内控制度不够完善、监控效果不好以及忽视对营业部员工的道德教育和业务培训，致使营业部出现挪用投资者交易结算资金或证券、违规向投资者出售高息债券等侵害投资者权益的行为。[③]
4、财务管理方面的内控机制问题严重
（1）财务管理、财务收支核算、预算管理、会计督导等制度未得到确实履行，财务管理较为混乱,会计报表失实,违反了《
会计法》、《证券公司会计制度》及其他财务会计法律法规的相关规定。
（2）随意开立银行户头,很多户头未纳入账内核算或不核算。例如，截至2002年9月7日,大连证券本部、二级部门、证券营业部有资金余额的账户达168户,平均每个核算单位开设银行户头8个以上。
（4）资金流出渠道众多,公司总部缺乏有效控制。如大连证券资金流出的渠道不仅仅存在于公司本部层面,在各独立核算二级部门、证券营业部以及控股子公司都存在资金随意划转的现象,公司本部对于各单位的资金缺乏有效监督。
（5）各证券营业部各自为政,利用投资者交易结算资金账户,随意进行违规资金拆人和拆出。大连证券很多证券营业部实际从事的业务除经纪业务外,还有自营、融资、受托资产管理、发售债券、资金拆借等业务,其业务种类之全俨然是一个个综合性的证券公司。
5、电脑信息系统控制不力
目前，很多证券公司电脑信息系统控制不力,导致重要原始数据如投资者委托指令、账户资料、资金情况被证券营业部篡改，造成投资者资金损失；投资者的股东账号和交易密码被证券营业部盗用等诸多违法违规行为，严重侵害了投资者的财产权。此外，网络维护、网络质量安全问题缺乏程序性和制度性保障，如行情不能及时显示、通讯线路出现问题、信息滞后时间过长或网络传输非正常中断等，都会给投资者带来直接负面影响，并在一定程度上影响到证券公司的业务量和盈利水平。
