制度设计与实践的冲突 相对于“单纯的”制度设计的缺失，制度设计与实践的冲突似乎是一个更熟悉的归因，似乎是所有制度设计或多或少难以摆脱的阴影。当然，这里的冲突既包含了消极实践与积极制度设计的对抗，也包括了制度设计本身的缺陷导致的与实践的脱节，多数情况下，两者并无明显的界限，可以说是互为存在的原因。就现有的行政复议的制度设计与实践的冲突来看，凸显于以下层面。
复议工作机构不健全，人员缺位严重 虽然《
行政复议法》规定，行政复议机关中负责法制工作的机构是行政复议工作机构，但实际上不少地方仍存在复议工作机构不健全，人员缺位严重的现象。该冲突的存在实际上同时也折射着另一个非常敏感的现实，即还有相当多地方的政府法制机构还不很健全，人员配备也不很理想。这个问题在经济发达地区似乎早已解决，笔者2002年曾调查过江苏省11个地级市的政府法制机构建设情况，无论是机构设置、人员配备，可以说都已达到了相当精良的程度。该省一位领导曾撰文指出，政府领导重视政府法制建设实际上是为减少决策失误所进行的一项长期投资，因为决策的浪费是最大的浪费。但在经济欠发达地区，由于领导意识、法制环境等因素的制约，这个问题在短期内有可能还难以得到根本解决。笔者在实际工作中发现，由于没有专门的复议工作机构和人员，有些行政机关在对待亦或处理复议案件时，要么千方百计地推诿、扯皮，以达到不受理的目的；要么一头雾水、没头苍蝇似地“瞎打瞎撞”，结果搞出不少令人啼笑皆非的复议处理结论。这些都极大地损害了复议工作的形象，也损害了政府的权威。
抽象行政行为一并审查执行难度大 《
行政复议法》启动了对抽象行政行为的审查制度，这可以说是一个里程碑式的制度创新。但实际执行情况却并不理想，“一并提出审查”的案件几乎没有。咎其原因，有四：一是老百姓不熟悉这项制度，申请复议时不把认为有问题的文件作为一并审查的对象，有的虽经复议工作人员耐心解释，申请人仍拒绝“一并提出审查”。二是规范性文件的审查监督另有专门的渠道，而且提出审查的条件相对简单，没有“一并提出审查”的限制，且据笔者多年的复议接待实践看，更多情况下，当事人仅要求对某一规范性文件进行审查。三是很多情况下，抽象行政行为与具体行政行为之间的界限非常模糊，有的文件更是以抽象行政行为之名，行具体行政行为之实。结果，“一并提出审查”的限制反而成了其“保护伞”，个别情况下也成了某些复议机关推卸责任的籍口。四是由于行政诉讼还没有启动抽象行政行为审查制度，复议审查实际上成了失去司法审查制衡的最终审查，长此以往，复议审查的公正性必然会受到侵蚀和怀疑。
垂直复议管辖存在弊端 《
行政复议法》规定：“对海关、金融、国税、外汇管理等实行垂直领导的行政机关和国家安全机关的具体行政行为不服的，向上一级主管部门申请行政复议。”除了此规定外，实践中，还有不少省份另外增加了一些实行垂直领导的部门，如安徽省的工商、质量技术监督、地税和烟草专卖，并通过地方立法的形式将对这些部门的复议管辖权一并划归上一级主管部门，“褫夺”了地方政府对这些部门的复议管辖权。这种垂直复议管辖权的设定有其增强集中统一管理的优势，但不利于地方政府对这些部门的监管，处理不好往往会产生很大的负面效应。实事求是地讲，就目前我国的政府架构，地方政府对部门的监管效果要远远大于上级主管部门对下级部门的监管。较为松散型的上下级之间的监管往往靠的是理性领导者的自觉性，而这谁又能保证呢？笔者认为，法治社会的组织结构设计应当避免出现“权利流放”现象，否则，最终受到损害的仍然是政府的形象。举一比较“极端”的例子，2002年之前，M市政府对该市Y部门具有复议管辖权。由于2001年底该市所在的A省人大通过地方性法规形式将Y部门的复议管辖权划归上级主管部门，M市政府对该市Y部门不再具有复议管辖权。不知何故，自2002年起，该市Y部门执法状况急剧恶化，多次出现殴打当事人、非法拘禁、非法搜查等违法事件，有关当事人也多次到M市政府申请复议，M市政府法制办向申请人作了解释，要他们向省Y部门申请复议。但当事人认为，一方面到省里毕竟没有在市里方便，另一方面担心省Y部门“维护”市Y部门，所以大部分当事人最后还是放弃了复议。就市Y部门的执法状况，M市政府法制办依法行使执法监督权，多次就其“违法执法”情况进行监督检查并提出建议，但奇怪的是，原本比较配合的市Y部门突然变得不配合了，使事情变得很难处理。且市Y部门的这种变化在M市政府监察部门也得到了印证。2002年，该市Y部门在全市政风评议活动中成绩“位居末列”。这个例子中的“极端”现象实践中并不多见，但它能说明了一个问题，即垂直复议管辖不利于当事人复议权的行使，也不利于对这些部门实行有效监管。
