“疑罪从无”作为一种司法理念和原则，必须准确把握，不能作为一种口号到处乱用，要防止对“疑罪从无”简单化、片面化、倾向化。如果仅偏重于对犯罪嫌疑人的人权保护，而放纵了犯罪，那么必将危害到和谐社会的建设。因此，在公诉环节中，对“疑案”要具体问题具体分析，看是否达到了提起公诉的证据标准，那些罪名达到了证据标准，达到了那些罪名的证据标准，做到坚持原则、区别对待。
（一）主要事实和细枝末节要区别对待。犯罪事实是对犯罪嫌疑人正确定罪量刑的基础，只有查清犯罪事实，才能提起公诉、定罪量刑。但犯罪事实不是指包括直接在内的全部犯罪事实，而是指影响定罪量刑的主要犯罪事实。例如，犯罪嫌疑人实施的行为是犯罪，而非一般违法行为的事实；犯罪嫌疑人是否负刑事责任或免除刑事责任的事实；犯罪嫌疑人应当从轻、减轻或者从重、加重处罚的事实等。一个案件如果主要事实无法排除合理怀疑，当然要从无。如果是主要事实清楚，个别细枝末节存有疑点，但对定罪没有影响，就不能轻易从无。
（二）实物证据和言词证据要区别对待。物证是能够证明案件事实的一切物品和痕迹。由于物证是以其外部形状、物质特性、存在的情况等来证明案件事实的，因而具有物质性、自然性、客观性的特点。它不象言词证据那样，受人的感情、认识、记忆、陈述等主观因素的影响。一般来说，物证能够直接反映案件的真实情况，证明力较强。一个案件如果实物证据存有疑点，甚至相互矛盾，无法排除合理怀疑，那么案件可能要疑罪从无；如果实物证据确实充分，言词证据存在疑点，那么应当对言词证据的真实性和证明力大小作出正确判断，不宜轻易从无。
（三）一罪与数罪要区别对待。在刑事案件中，行为人的行为可能构成一罪，也可能构成数罪。如果犯罪嫌疑人只涉嫌一个罪名，影响定罪量刑的主要犯罪事实和证据存疑，那么对该案应当作从无处理。如果犯罪嫌疑人涉嫌数个罪名，其中一罪的主要犯罪事实和证据存疑，那么只能对该罪从无，不能对全案从无，对符合提起公诉条件的罪名，应当提起公诉。
（四）此罪与彼罪要区别对待。由于
刑法条文的竞合、行为人犯意的竞合、行为人行为的近似等原因，案件中容易产生行为人构成此罪抑或彼罪的争议，如杀人与故意伤害（致人死亡）、抢劫与抢夺、非法拘禁与故意伤害、强奸（未遂）与猥亵妇女等。依照现有证据，如果案件定此罪可能存疑，但定彼罪就不存疑，并达到了公诉证据标准，那么就要按彼罪提起公诉，不能按此罪从无。
（五）一行为与数行为要区别对待。一个案件中，如果行为人仅实施了一个行为，并且对该行为存疑，当然要按“疑罪从无”处理；如果是一人分别实施了性质相同的数个行为，触犯了同一罪名，其中有一次行为存疑，那么仅对存疑的行为从无，对无疑的行为则不能从无。如行为人3、6、9月份各实施抢劫一次，3月份实施的抢劫证据不足，那么只能对3月份的抢劫行为不起诉，对6、9月份的抢劫应提起公诉。
